Borrelia burgdorferi bakteriofāga strukturāli pētījumi
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) darbības programmas "Izaugsme un nodarbinātība" 1.1.1. specifiskā atbalsta mērķa "Palielināt Latvijas zinātnisko institūciju pētniecisko un inovatīvo kapacitāti un spēju piesaistīt ārējo finansējumu, ieguldot cilvēkresursos un infrastruktūrā" 1.1.1.2. pasākuma "Pēcdoktorantūras pētniecības atbalsts" ietvaros.
Projekta nosaukums: Borrelia burgdorferi bakteriofāga strukturāli pētījumi
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.2/VIAA/4/20/704
Projekta izpildes termiņš: 2021. gada 1. janvāris – 2023. gada 30. jūnijs
Projekta kopējais finansējums: 111 505.00 EUR
Projekta īstenotājs: Dr. biol. Jānis Rūmnieks
Borrelia burgdorferi bakteriofāgi (fāgi) ir nozīmīgs, bet mazizpētīts Laima slimības izraisītājbaktērijas bioloģijas aspekts. B. burgdorferi šūnās plaši izplatītā plazmīdu grupa cp32 patiesībā ir latenti neparasta bakteriofāga φBB1 genomi, kuri var tikt ierosināti veidot vīrusa daļiņas un lizēt to saimniekbaktērijas, taču gandrīz nekas nav zināms par tam pamatā esošajiem mehānismiem. φBB1 bakteriofāga strukturālie proteīni ir īpaši atšķirīgi un tiem ir ļoti maza vai nekāda sekvences līdzība ar citiem zināmiem vīrusiem.
Projekta mērķis ir veikt detalizētu φBB1 bakteriofāga struktūras izpēti, izmantojot krio-elektronmikroskopijas un rentgenstaru kristalogrāfijas metodes. Iegūtā augstas izšķirtspējas trīsdimensionālā struktūra ļaus definēt funkciju vairāk nekā desmit šobrīd neskaidras nozīmes fāga proteīniem un parādīs molekulāro uzbūvi evolucionāri atšķirīgai baktēriju vīrusu grupai. Projekta gaitā iegūtajiem rezultātiem būs ievērojama vērtība borēliju un bakteriofāgu fundamentālas izpētes jomā, kā arī tie radīs iespējas tālākiem pielietojamiem pētījumiem, lai attīstītu jauna veida pieejas un līdzekļus Laima slimības ārstēšanai.
Informācija publicēta 04.01.2021.
Projekta progress
2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts
Lai atvieglotu φBB1 strukturālo proteīnu pētījumus, projektu uzsākot, vispirms tika veikta bakteriofāga visa morfoģenēzes gēnu moduļa PCR amplifikācija no Borrelia burgdorferi cp32-1 plazmīdas un tā klonēšana Escherichia coli plazmīdu vektorā. Izmantojot šo konstrukciju par pamatu, tika sākts darbs pie bakteriofāga kapsīdu (“galvu”) veidojošo proteīnu producēšanas ar mērķi iegūt šo fāga sastāvdaļu E. coli sistēmā. Šim nolūkam attiecīgo proteīnu kodējošās secības gan atsevišķi, gan pa vairākām kopā tika klonētas ekspresijas vektoros un pārbaudīta to ekspresija. Provizoriski rezultāti liecina, ka attiecīgie proteīni E. coli sistēmā var tikt producēti augstā līmenī un ir pazīmes, ka tās veido kapsīdām līdzīgas struktūras.
Paralēli rekombinantajai pieejai tika arī uzsākti mēģinājumi iegūt φBB1 bakteriofāga daļiņas no B. burgdorferi šūnām indukcijas rezultātā, pārbaudot dažādas indukcijas metodes un bakteriofāga koncentrēšanas paņēmienus.
Informācija publicēta 31.03.2021
Projekta progress
2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs
Escherichia coli sistēmā rekombinanti producētās φBB1 kapsīdas proteīnu veidotās struktūras tika analizētas elektronu mikroskopā ar negatīvās krāsošanas metodi, kur tika apstiprināts, ka tās veido homogēnas prokapsīdas. Tika izstrādāta attīrīšanas shēma, lai iegūtu šīs struktūras augstā tīrības pakāpē. Tika uzsāktas darbības rekombinanta φBB1 termināzes kompleksa iegūšanai, kas nepieciešams, lai mēģinātu prokapsīdas in vitro piepildīt ar DNS, tādējādi iegūstot pabeigtas kapsīdu struktūras.
Tika arī sākts eksperimentālais darbs φBB1 pamatplātnes iegūšanai Escherichia coli sistēmā rekombinantas ekspresijas ceļā. Šim nolūkam attiecīgo proteīnu kodējošās secības gan atsevišķi, gan pa vairākām kopā tika klonētas ekspresijas vektoros un pārbaudīta to ekspresija. Pamatplātnes proteīnu ekspresijas līmenis bija atšķirīgs un norisinājās darbs pie to ekspresijas līmeņa optimizācijas.
Informācija publicēta 30.06.2021
Projekta progress
2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris
Turpinājās darbs pie rekombinanta φBB1 termināzes kompleksa iegūšanas. Tika izmēģinātas dažādas ekspresijas metodes, afinitātes attīrīšanas iezīmes un attīrīšanas metodes un tika atrasti apstākļi, kādos termināzes kompleksu iespējams iegūt šķīstošā veidā. Tika veikta kompleksa attīrīšana analītiskos apjomos un veikti pirmie mēģinājumi in vitro iepakot DNS φBB1 prokapsīdās. Tika arī sākts eksperimentālais darbs dažādu plazmīdu konstrukciju izveidošanai φBB1 astes proteīnu rekombinantai ekspresēšanai Escherichia coli sistēmā un to ekspresijas līmeņa pārbaudei, kā arī turpinājās darbs pie dažādu plazmīdu konstrukciju izveides un ekspresijas apstākļu piemeklēšanas φBB1 pamatplātnes kompleksa iegūšanai Escherichia coli sistēmā.
Informācija publicēta 30.09.2021
Projekta progress
2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris
Turpinājās darbs pie φBB1 astes proteīnu rekombinantas ekspresijas eksperimentiem Escherichia coli sistēmā. Tika arī izveidotas divu plazmīdu sistēmas abu termināzes subvienību, kā arī dažādai pamatplātnes proteīnu koekspresijai, lai censtos uzlabot to ekspresijas līmeni. Papildus tam norisinājās mēģinājumi atrast piemērotus eksperimentālos apstākļus φBB1 prokapsīdu in vitro pakošanai ar DNS.
Tika arī uzsākts darbs pie φBB1 bakteriofāga strukturālās analīzes. φBB1 prokapsīdu struktūras tika attīrītas un aizsūtītas apskatei krio-elektronu mikroskopā CEITEC institūtā Čehijā. Pirmie rezultāti liecina, ka paraugs ir homogēns un piemērots tālākai augstas izšķirtspējas datu iegūšanai.
Informācija publicēta 30.12.2021.
Projekta progress
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Norisinājās darbs pie φBB1 astes un pamatplātnes proteīnu koekspresijas sistēmas izveides Escherichia coli. Tika arī izveidotas plazmīdu konstrukcijas φBB1 pamatplātnes centrālā mezgla proteīna, astes smailes proteīna un astes šķiedras proteīna ekspresijai. Tika veikti to ekspresijas eksperimenti un noskaidroti apstākļi, kādos šos proteīnus var iegūt šķīstošā veidā, vai arī nepieciešamības gadījumā tika veikta papildus plazmīdu konstrukciju izveide ar šķīdību uzlabojoša domēna pievienošanu mērķa proteīniem. Pamatplātnes centrālā mezgla proteīnam un astes smailes proteīnam tika izstrādāti attīrīšanas protokoli. Proteīni tika attīrīti līdz homogenitātei preparatīvā daudzumā un tika uzsākti to kristalizēšanas mēģinājumi.
Informācija publicēta 31.03.2022.
