Reto pārmantoto slimību izraisošo faktoru izpēte izmantojot pilna genoma sekvenēšanas pieeju
Projekta nosaukums: „Reto pārmantoto slimību izraisošo faktoru izpēte izmantojot pilna genoma sekvenēšanas pieeju”
Projekts tiek veikts Eiropas Reģionālā attīstības fonda (ERAF) 1.1.1.1. pasākuma "Praktiskas ievirzes pētījumi" 2. kārtas ietvaros.
Projekta identifikācijas Nr.: 1.1.1.1/18/A/096
Projekta izpildes termiņš: 2019. gada 1. aprīlis – 2022. gada 31. marts
Projekta kopējais finansējums: 648 648 EUR
Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. biol. Inna Iņaškina
Sadarbības partneris: SIA Latvia MGI Tech
Projekta kopsavilkums:
Projekta vispārīgais mērķis ir uzlabot sabiedrības veselību, uzlabojot zināšanas par retās pārmantotās slimības izraisošajiem ģenētiskajiem faktoriem un uzlabojot to diagnostiku. Projekta specifiskais mērķis ir identificēt jaunus ģenētiskos faktorus kā slimības cēloņus pacientiem ar retajām pārmantotājām slimībām, kuriem patogēnie varianti līdz šim nav identificēti ar klasiskajām ģenētiskās analīzes metodēm, piemēram, salīdzinošo genoma hibridizāciju, gēnu paneļu un pilna eksoma masīvo paralēlo sekvencēšanu.
Projekta mērķa sasniegšanai ir paredzētas sekojošas aktivitātes:
1. Izstrādāt kritērijus reto pārmantoto slimību pacientu atlasei un iesaistīt tos projektā. Projektā tiks iesaistīti tikai pacienti, kuriem jau ir veikta plaša ģenētiskā izmeklēšana, bet kuriem nav uzstādīta diagnoze, vai nav atrasti izraisošie ģenētiskie faktori.
2. Veikt atlasīto pacientu pilna genoma sekvencēšanu (WGS), un iegūto datu bioinformātisko analīzi.
3. Veikt ar WGS metodi identificēto ģenētisko variantu validāciju un interpretāciju, izmantojot pieejamos zinātniskās informācijas avotus (publikācijas, ģenētisko variantu un medicīniskās datubāzes, kā arī datubāzes par pieejamajiem dzīvnieku modeļiem).
Pētījumam tiks izmantoti jaunākie inovatīvo tehnoloģiju risinājumi, ko piedāvā biomedicīnas, biotehnoloģiju un bioinformātikas nozares.
Informācija publicēta 01.04.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. aprīlis – 2019. gada 30 jūnijs
Projekta ietvaros tika uzsākta pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē, tajā skaitā DNS, audu paraugu un fenopitisko datu ievākšana. Regulāri (vienu reiz mēnesī) notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami) – pilna eksoma vai gēnu paneļu analīzēm.
Informācija ievietota 28.06.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. jūlija – 2019. gada 30 septembrim
Projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi un tiek lemts par to virzīšanu nākošajā projekta posmā – pilna genoma sekvencēšanā. Šajā projekta posmā tika uzsākti arī eksperimentālie darbi - tika sekvencēti pilna izmēra genomi pirmajiem iesaistītajiem pacientiem. Šobrīd notiek iegūto datu analīzes algoritma izstrāde.
Informācija ievietota 30.09.2019.
Projekta progress:
2019. gada 1. oktobris – 2019. gada 31. decembris
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi. Atlasitiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Šobrīd turpinas iegūto datu analīzes algoritma izstrāde. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami) – pilna eksoma vai gēnu paneļu analīzēm.
Informācija ievietota 30.12.2019.
Projekta progress
2020. gada 1. janvāris – 2020. gada 31. marts
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Šobrīd turpinās iegūto datu analīzes algoritma izstrāde. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami.)
Informācija publicēta 31.03.2020
Projekta progress:
2020. gada 1. aprīlis – 2020. gada 30. jūnijs
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku, kā arī pediatriski onkoloģisko pacientu, ar aizdomām par ģenētiskajām izmaiņām, iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenotipisko datu, ievākšana.
Sakarā ar COVID-19 epidēmijas izraisīto ārkārtas situāciju, pacientu iesaiste, kā arī darbs laboratorijā, tika pārtraukti martā un atsākta jūnijā.
Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces (klātienē un attālināti), kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi. Šobrīd turpinās iepriekš iegūto datu analīzes algoritma izstrāde. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami) – pilna eksoma vai gēnu paneļu analīzēm.
Informācija publicēta 30.06.2020
2020. gada 1. jūlijs – 2020. gada 30. septembris
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, citiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Kā arī joprojām turpinās iegūto datu analīzes algoritma izstrāde. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami) – pilna eksoma vai gēnu paneļu analīzēm.
Informācija publicēta 30.09.2020
Projekta progress:
2020. gada 1. oktobris – 2020. gada 31. decembris
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi. Uz doto bridi, mēs esam iesaistījuši apmēram 60 pacientus, kas slimo ar retām slimībām, un viņu tuviniekus. Papildus esam iesaistījuši 79 pediatrijas pacientus, kuri slimo ar iespējamu iedzimtu vēzi.
Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti. Citiem tika atrasti ģenētiskie varianti, kas var izraisīt defektus un kuriem ir nepieciešama papildus analīze. Ka arī joprojām turpinās izstrādāta iegūto datu analīzes algoritma uzlabošana. Paralēli tiek atkārtoti analizēti primārie dati no pacientu iepriekšējiem ģenētiskiem izmeklējumiem (ja tādi ir pieejami) – pilna eksoma vai gēnu paneļu analīzēm.
Informācija publicēta 30.12.2020
Projekta progress:
2021. gada 1. janvāris – 2021. gada 31. marts
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi.
Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi un tika analizēti iegūtie dati. Dažiem atrastiem ģenētiskiem variantiem, kas var izraisīt defektus, tika veikti papildus izmeklējumi, izmantojot dažādas molekulāras bioloģijas metodes. Joprojām turpinās izstrādāta iegūto datu analīzes algoritma uzlabošana.
Iegūtie dati par atrastiem retajiem ģenētiskiem variantiem un ar tiem saistītām diagnozēm tika prezentēti starptautiskas konferences RSU Research Week 2021 Knowledge for Use in Practice ietvaros divās uzstāšanās: J. Stavusus et al. “ The first case in Latvia, caused by mutation in the Prion-related protein” un I. Mičule et al. “A second family with a multisystemic mitochondrial disease caused by PTCD3 mutations”.
Informācija publicēta 31.03.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. aprīlis – 2021. gada 30. jūnijs
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi.
Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi un tika analizēti iegūtie dati. Dažiem atrastiem ģenētiskiem variantiem, kas var izraisīt defektus tika veikti papildus izmeklējumi izmantojot dažādas molekulāras bioloģijas metodes. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti. Joprojām turpinās izstrādāta iegūto datu analīzes algoritma uzlabošana.
Informācija publicēta 30.06.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. jūlijs – 2021. gada 30. septembris
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi.
Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi un tika analizēti iegūtie dati. Dažiem atrastiem ģenētiskiem variantiem, kas var izraisīt defektus tika veikti papildus izmeklējumi izmantojot dažādas molekulāras bioloģijas metodes. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti.
Iegūtie dati par atrastiem retajiem ģenētiskiem variantiem CAPN3 gēnā tika prezentēti starptautiskas kongresa The World Muscle Societe 2021 Virtual Congress ietvaros uzstāšanā: B. Lāce et al. “The most common CAPN3 disease causing variant in Nothern-Eastern Europe population or controversial coincidence”.
Informācija publicēta 30.09.2021.
Projekta progress:
2021. gada 1. oktobris – 2021. gada 31. decembris
ERAF 096 projekta ietvaros turpinās pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām un viņu radinieku iesaiste Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē - DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana. Regulāri notiek projekta izpildītāju un iesaistīto ārstu kopējas sapulces, kur tiek apspriesti konkrētu ģimeņu gadījumi.
Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi un tika analizēti iegūtie dati. Dažiem atrastiem ģenētiskiem variantiem, kas var izraisīt defektus tika veikti papildus izmeklējumi izmantojot dažādas molekulāras bioloģijas metodes. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti. Tiek izstrādāts jaunais WES strukturālo izmaiņu analīzes algoritms (pipeline).
Analizējot iepriekš iegūtus eksoma/ transkriptoma sekvencēšanas datus pacientam ar neprecizētu NMS, CAPN3 gēna variants c.1746-20C>G tika klasificēta kā hipomorfa (riska alēle). Mūsu dati, kopā ar sadarbības partneru datiem, tika apkopoti manuskriptā Mroczek et al. “CAPN3 c.1746-20C>G variant is hypomorphic for LGMD R1 calpain 3-related” un iesniegti zinātniskā žurnālā “Human Mutations”.
Šobrīd tiek izstrādāts jauns strukturālo izmaiņu analīzes algoritms.
Informācija publicēta 30.12.2021.
Projekta progress:
2022. gada 1. janvāris – 2022. gada 31. marts
Noslēdzas pacientu iesaiste (DNS, audu paraugu un fenopitisko datu, ievākšana) Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē. Kopējais iesaistīto pacientu, kas cieš no retajām pārmantotajām slimībām, un viņu radinieku skaits sasniedzis 149. Papildus, tika iesaistīti 167 pediatriskie pacienti ar iespējami iedzimtiem vēžiem un ap 300 reto slimību pacientu bez apstiprinātiem ģenētiskiem cēloņiem. Atlasītiem pacientiem, kā arī viņu radiniekiem tika sekvencēti pilna izmēra genomi un tika analizēti iegūtie dati. Dažiem atrastiem ģenētiskiem variantiem, kas var izraisīt defektus tika veikti papildus izmeklējumi izmantojot dažādas molekulāras bioloģijas metodes. Dažiem pacientiem tika uzstādītas precīzas diagnozes, sagatavoti slēdzieni un ir informēti ārsti un paši pacienti.
Veicot papildus RNS splaisinga analīzi, tika pieradīta iepriekš neaprakstīta c.928+3A>G varianta LAMP2 gēnā patoģenitāte viena ģimenē ar vairākiem pacientiem ar neprecizētu ģenētisko diagnozi. Iegūtie dati tika apkopoti manuskriptā Stavusis et al. “Altered splicing of LAMP2 in a multigenerational family from Latvia affected by Danon disease” un iesniegti zinātniskā žurnālā “Neuromuscular Disorders”.
Informācija publicēta 31.03.2022.
