Pētījumi

Biotehnoloģija un struktūrbioloģija

K. Tāra grupa

Kaspars Tārs , Dr. biol.

Studiju direktors/Vadošais pētnieks
Telefons: +371 67808200
E-pasts: kaspars@biomed.lu.lv

Andris Kazāks , Dr. biol.

Vadošais pētnieks
Telefons: +371 67808200
E-pasts: andris@biomed.lu.lv

Pētniecība

Mūsu grupas galvenais izpētes virziens ir veltīts vienpavediena RNS bakteriofāgiem un to vīrusveidīgajām daļiņām (VVD). Mūsu laboratorijā tiek pētīti vairāku RNS fāgu genomi, struktūras un dažādas molekulārās mijiedarbības. Mūsu pētījumi ir devuši dziļāku ieskatu fāgu molekulārajā bioloģijā, kā arī attiecīgo VVD praktiskajos pielietojumos, starp kuriem visnozīmīgākais ir vakcīnu izstrāde.

Tā kā mūsu laboratorija ir vienīgā Latvijā ar iespēju noteikt proteīnu kristālstruktūras, mēs darbojamies arī vairākos citos projektos, kuri ir vērsti galvenokārt uz inhibitoru racionālu izstrādi pret dažādiem farmakoloģiski nozīmīgiem enzīmiem. Šie projekti tiek realizēti sadarbībā ar Organiskās sintēzes institūtu, kura darbinieki veic inhibitoru ķīmisko sintēzi. Mūsu nozīmīgākie mērķproteīni ir ogļskābes anhidrāzes, kā arī karnitīna un trimetilamīna metabolismā iesaistītie enzīmi.

Mūsu izpētes grupa ir radīta, apvienojoties divām iepriekšējām grupām, kuras vadīja Dr. Kaspars Tārs un Dr. Andris Kazāks. Kasparam Tāram ir nepieciešamās zināšanas strukturālajā bioloģijā, bet Andrim Kazākam – proteīnu producēšanā un attīrīšanā.

Zinātniskais personāls

Tatjana Kazāka , Dr. biol., tatyanav@biomed.lu.lv

Tatjana Kazāka , Dr. biol.

Vadošā pētniece
Telefons: +371 67808200
E-pasts: tatyanav@biomed.lu.lv

Jānis Rūmnieks , Dr. biol., j.rumnieks@biomeb.lu.lv

Jānis Rūmnieks , Dr. biol.

Pētnieks
Telefons: +371 67808200
E-pasts: j.rumnieks@biomeb.lu.lv

Ināra Akopjana , in.ak@inbox.lv

Ināra Akopjana

Zinātniskā asistente
Telefons: 67808213
E-pasts: in.ak@inbox.lv

Svetlana Koteloviča , MSc. biol., sveta@biomed.lu.lv

Svetlana Koteloviča , MSc. biol.

Zinātniskā asistente
Telefons: +371 67808200
E-pasts: sveta@biomed.lu.lv

Gints Kalniņš , MSc. biol., gints.kalnins@biomed.lu.lv

Gints Kalniņš , MSc. biol.

Zinātniskais asistents
Telefons: +371 67808221
E-pasts: gints.kalnins@biomed.lu.lv

Andris Kazāks , Dr. biol., andris@biomed.lu.lv

Andris Kazāks , Dr. biol.

Vadošais pētnieks
Telefons: +371 67808200
E-pasts: andris@biomed.lu.lv

Ilva Liekniņa , MSc.biol, ilva@biomed.lu.lv

Ilva Liekniņa , MSc.biol

Zinātniskais asistents
Telefons: +371 67808213
E-pasts: ilva@biomed.lu.lv

Jānis Leitāns , MSc. biol., janisl@biomed.lu.lv

Jānis Leitāns , MSc. biol.

Zinātniskais asistents
Telefons: +371 67808200
E-pasts: janisl@biomed.lu.lv

Mihails Šisovs , BSc. biol., mihails.shishovs@gmail.com

Mihails Šisovs , BSc. biol.

Laborants
Telefons: +371 67808200
E-pasts: mihails.shishovs@gmail.com

Elīna Černooka , MSc. biol., elina.cernooka@biomed.lu.lv

Elīna Černooka , MSc. biol.

Laborante
Telefons: +371 67808200
E-pasts: elina.cernooka@biomed.lu.lv

Anna Kiršteina , BSc. biol., anna.kirsteina@gmail.com

Anna Kiršteina , BSc. biol.

Laborante
Telefons: +371 67808200
E-pasts: anna.kirsteina@gmail.com

Kalvis Brangulis , Dr.biol., kalvis@biomed.lu.lv

Kalvis Brangulis , Dr.biol.

Pētnieks
Telefons: +371 67808218
E-pasts: kalvis@biomed.lu.lv

Sadarbības partneri

Starptautiskie:

• Dr. Roman Koning, Leidenes universitāte – vīrusu un VVD struktūru noteikšana ar krio-EM 
• Dr. Guido Pintacuda,CNRS, Liona, Francija – VVD struktūru noteikšana ar MAS-ssNMR
• Prof. Claudiu T Supuran, Florences universitāte, Itālija – sadarbība ogļskābes anhidrāžu izpētē
• Prof. Martin Bachmann, Oksfordas universitāte, Bernes universitāte – VVD pielietojumi vakcīnu izstrādē
• Dr. Mike Whelan, iQur, Londona, Apvienotā Karaliste - VVD pielietojumi vakcīnu izstrādē

Nacionālie:

• Dr. Kristaps Jaudzems, OSI – sadarbība proteīnu struktūras izpētē ar NMR
• Dr. Raivis Žalubovskis, OSI – CA inhibitoru sintēze
• Dr. Maija Dambrova, OSI – sadarbība karnitīna un trimetilamīna metabolisma projektos

Publikācijas

• Starptautiskas

• Fragment-Based Discovery of 2-Aminoquinazolin-4(3H)-ones As Novel Class Nonpeptidomimetic Inhibitors of the Plasmepsins I, II, and IV Rasina, D., Otikovs, M.,, J Leitāns, Recacha, R., Borysov, O.V., Kanepe-Lapsa, I., Domraceva, I., Pantelejevs, T.,, K Tārs, Blackman, M.J., Jaudzems, K., Jirgensons, A. , Journal of Medicinal Chemistry, 59 (1), pp. 374-387. , 2016
• Taxonomy of prokaryotic viruses: update from the ICTV bacterial and archaeal viruses subcommittee Krupovic, M., Dutilh, B.E., Adriaenssens, E.M., Wittmann, J., Vogensen, F.K., Sullivan, M.B., J Rūmnieks, Prangishvili, D., Lavigne, R., Kropinski, A.M., Klumpp, J., Gillis, A., Enault, F., Edwards, R.A., Duffy, S., Clokie, M.R.C., Barylski, J., Ackermann, H.-W., Kuhn, J.H. , Archives of Virology, pp. 1-5 , 2016
• The True Story and Advantages of RNA Phage Capsids as Nanotools P Pumpēns, R Renhofa, A Dišlers, T Kozlovska, V Ose-Klinklāva, Pushko, P., K Tārs, E Grēns, Bachmann, M.F. , Intervirology, pp. 74-110 , 2016
• Structure of AP205 Coat Protein Reveals Circular Permutation in ssRNA Bacteriophages M Šisovs, J Rūmnieks, Diebolder, C., Jaudzems, K., Andreas, L.B., Stanek, J., A Kazāks, S Koteloviča, I Akopjana, Pintacuda, G., Koning, R.I., K Tārs , Journal of Molecular Biology, 428 (21), pp. 4267-4279 , 2016
• NMR Spectroscopic Assignment of Backbone and Side-Chain Protons in Fully Protonated Proteins: Microcrystals, Sedimented Assemblies, and Amyloid Fibrils Stanek J, Andreas LB, Jaudzems K, Cala D, Lalli D, Bertarello A, Schubeis T, I Akopjana, S Koteloviča, K Tārs, Pica A, Leone S, Picone D, Xu ZQ, Dixon NE, Martinez D, Berbon M, El Mammeri N, Noubhani A, Saupe S, Habenstein B, Loquet A, Pintacuda G. , Angew Chem Int Ed Engl. 2016 Nov 16 , 2016
• Structure of fully protonated proteins by proton-detected magic- Angle spinning NMR Andreas, L.B., Jaudzems, K., Stanek, J., Lalli, D., Bertarelloa, A., Marchand, T.L., De Paepe, D.C., S Koteloviča, I Akopjana, Knott, B., Wegner, S., Engelke, F., Lesage, A., Emsley, L., K Tārs, Herrmann, T., Pintacuda, G. , Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 113 (33), pp. 9187-9192 , 2016
• Asymmetric cryo-EM reconstruction of phage MS2 reveals genome structure in situ Koning, R.I., Gomez-Blanco, J., I Akopjana, Vargas, J., A Kazāks, K Tārs, Carazo, J.M., Koster, A.J. , Nature Communications, 7, art. no. 12524 , 2016
• Long-chain acylcarnitines determine ischaemia/reperfusion-induced damage in heart mitochondria Liepinsh, E., Makrecka-Kuka, M., Volska, K., Kuka, J., Makarova, E., Antone, U., Sevostjanovs, E., Vilskersts, R., A Strods, K Tārs, Dambrova, M. , Biochemical Journal, 473 (9), pp. 1191-1202 , 2016
• K. Crystal structure of Plasmodium falciparum proplasmepsin IV: The plasticity of proplasmepsins Recacha, R., Jaudzems, K., I Akopjana, Jirgensons, A., K Tārs , Acta Crystallographica Section:F Structural Biology Communications, 72, pp. 659-666 , 2016
• Human carnitine biosynthesis proceeds via (2S,3S)-3-hydroxy-Nε-trimethyllysine Leśniak, R.K., Markolovic, S., K Tārs, Schofield, C.J. , Chemical Communications, 53 (2), pp. 440-442 , 2016
• Virus-Like Particles: A Versatile Tool for Basic and Applied Research on Emerging and Reemerging Viruses Diederich S., Gedvilaite A., Zvirbliene A., A Kazāks, Sasnauskas K., Johnson N., Ulrich R.G. , Viral Nanotechnology. Jul 2015 , pages 137 -160. , 2015
• X-Ray Analysis of Viral Nanoparticles K Tārs , Viral Nanotechnology, pages 61 -74. , 2015
• Crystal structures of the Erp protein family members ErpP and ErpC from Borrelia burgdorferi reveal the reason for different affinities for complement regulator factor H K Brangulis, I Petrovskis, A Kazāks, I Akopjana, K Tārs , Biochimica et Biophysica Acta - Proteins and Proteomics, 1854 (5), pp. 349-355 , 2015
• Structural and functional analysis of BB0689 from Borrelia burgdorferi, a member of the bacterial CAP superfamily K Brangulis, Jaudzems, K., I Petrovskis, I Akopjana, A Kazāks, K Tārs , Journal of Structural Biology, 192 (3), pp. 320-330. , 2015
• Structures of plasmepsin II from Plasmodium falciparum in complex with two hydroxyethylamine-based inhibitors Recacha, R., J Leitāns, I Akopjana, Aprupe, L., Trapencieris, P., Jaudzems, K., Jirgensons, A., K Tārs , Acta Crystallographica Section:F Structural Biology Communications, 71, pp. 1531-1539. , 2015

• Vietēja mēroga

• Viral lower respiratory tract infections in children under 2 years of age in the winter season of 2010/2011 in Children’s University Hospital, Riga (Latvia) Eihvalde L, Ansone S, Balmaks R, Ribakova I, A Kazāks, Grope I, Kozlovska L, Livdāne J, Gardovska D , Lietuvos bendrosios praktiķos gydytojas, m, lapkritis T.16 Nr.9 , 2012
• Specificity of packaging mRNA in bacteriophage GA virus-like particles in yeast Saccharomyces cerevisiae. J Rūmnieks, J Freivalds, I Cielēns, R Renhofa , Acta Universitatis Latviensis 745: 145-54 , 2008
• High-level expression and purification of bacteriophage GA virus-like particles from yeast Saccharomyces cerevisae and Pichia pastoris. J Freivalds, J Rūmnieks, V Ose-Klinklāva, R Renhofa, A Kazāks , Acta Universitatis Latviensis 745: 75-85 , 2008
• Tumor-asociēto antigēnu inkorporācija vīrusveidīgās daļiņās. Balmaks R, J Freivalds, P Pumpēns, A Kazāks , Acta Universitatis Latviensis 712: 76-9 , 2007
• Display vectors. II. Recombinant capsid of RNA bacteriophage Qb as a display moiety. T Kozlovska, I Cielēns, I Vasiļjeva, Bundule M, Strelnikova A, A Kazāks, A Dišlers, D Dreiliņa, V Ose-Klinklāva, Gusars I, P Pumpēns , Proc. Latvian Acad. Sci. 51: 8-12 , 1997

• Patenti

• COUPLING OF BORRELIAL PROTEIN BB0689 TO VIRUS-LIKE PARTICLES FOR GENERATION OF LYME DISEASE VACCINE K Tārs, I Petrovskis, A Dišlers, D Skrastiņa, A Zeltiņš, K Brangulis, S Koteloviča , Europena Patent Office, Application number EP15182845.6 , 2015
• Paņēmiens izvēlēta materiāla piešūšanai HBV core proteīna veidotajām nanodaļiņām R Renhofa, A Kazāks, A Dišlers, L Jackeviča, V Ose-Klinklāva, P Pumpēns , LR patents LV 15033 , 2014
• Daudzziedu airenes raibuma vīrusam līdzīgo daļiņu iegūšana A Zeltiņš, I Baļķe, G Reseviča, V Ose-Klinklāva, A Kazāks, J Freivalds , LR patents LV15006 , 2013
• Virus-like Particles of Bacteriophage phiCb5 Bachmann MF, Jegerlehner A, A Kazāks, Link A, Lipowsky G, K Tārs , WO/2010/122164 , 2010
• Rekombinants rauga Pichia pastoris celms cilvēka hepatīta B vīrusa (subtips ayw) nukleokapsīdu iegūšanai. A Kazāks, J Freivalds, P Pumpēns, A Dišlers , LR patents Nr. 13740 , 2008
• Ekspresijas sistēma rekombinanto vīrusveidīgo daļiņu iegūšanai A Dišlers, I Sominska, A Kazāks, I Petrovskis, Zariņa I , LR patents Nr. 13587 , 2008

• Monogrāfijas

• Construction of novel vaccines on the basis of the virus-like particles: Hepatitis B virus proteins as vaccine carriers. /in "Medicinal Protein Engineering. " pp. 205-248. P Pumpēns, Ulrich R, Sasnauskas K, A Kazāks, V Ose-Klinklāva, E Grēns , CRC Press, Taylor & Francis Group, Boca Raton London, New York , 2009
• Polyoma-virus derived virus-like particles. /in "Medicinal Protein Engineering." pp. 249-275 Ulrich R, Gedvilaite A, T Kazāka, A Kazāks, Sasnauskas K, Johne R , CRC Press, Taylor & Francis Group, Boca Raton London, New York , 2009
• Papilloma-virus derived virus-like particles. /in "Medicinal Protein Engineering." pp. 277-297 A Kazāks, T Kazāka , CRC Press, Taylor & Francis Group, Boca Raton London, New York , 2009

• Konferenču tēzes

• Crystal structure of the B. Burgdorferi outer surface protein of the paralogous gene family PFam5 R Ranka, K Brangulis, K Tārs, I Petrovskis, V Baumanis , Gordon Research Conferences frontiers of science, Venturi, ASV , 2014
• Successful creation of chimeric virus-like particles maintaining fibronectin-binding property from B.burgdorferi BBK32 protein R Ranka, I Petrovskis, I Sominska, K Brangulis, P Pumpēns, V Baumanis , XII International Jena Symposium on Tick-borne Diseases. Weimar, Vācija , 2013
• Study of B. burgdorferi outer membrane proteins by protein-protein interaction approach R Ranka, K Vilks, K Brangulis, I Petrovskis, V Čapligina, V Baumanis , 38th FEBS Congress, St.Petersburg, Krievija. , 2013
• Molecular epidemiology of respiratory syncytial virus over three consecutive seasons in Latvia Balmaks R, Ribakova I, Grope I, Gardovska D, A Kazāks , 31st Anual Meeting of the European Society For Paediatric Infectious diseases. Milāna, Itālija , 2013
• Respiratorā sincitiālā vīrusa molekulārā epidemioloģija triju sekojošu sezonu laikā Ribakova I, Balmaks R, Grope I, Gardovska D, A Kazāks , RSU zinātniskā konference , 2013
• Crystal structure of an outer surface protein BBA64 from Borrelai burgdorferi in comparison to BbCRASP-1. K Brangulis, K Tārs, I Petrovskis, R Ranka, V Baumanis , The FEBS Journal, v.279, S.1, p.467 , 2012
• Apgrieztās transkripcijas polimerāzes ķēdes reakcijas pielietojums respiratori sincitiālā vīrusa diagnostikai Bērnu klīniskajā universitātes slimnīcā. Ribakova I, Grope I, Balmaks R, A Kazāks, Gardovska D , RSU Zinātniskā konference , 2012
• Yeast-expressed RNA bacteriophage-like particles for packaging of nanomaterials. J Freivalds, A Kazāks , Virus-like particle and nanoparticle vaccines, Cannes, France. , 2012
• Yeast cells allow high-level synthesis and assembly of bacteriophage-like particles. J Freivalds, A Kazāks , 4th Annual protein congress and vaccines congress, London, UK, April 4–5 , 2011
• Subgroup characteristics of respiratory syncytial virus during 2009/2010 season in Latvia. Balmaks R, A Kazāks, Ribakova I, Grope I, Gardovska D , 29th Anual Meeting of the European Society For Paediatric Infectious diseases. Hāga, Nīderlande, June 7–11 , 2011
• Molecular monitoring and yeast expression of respiratory syncytial virus structural genes from clinical samples in Latvia during 2009/10 season. Balmaks R, J Freivalds, Gardovska D, A Kazāks , Gordon Research Conferences Viruses and Cells. Barga, Itālija, May 29 – June 3 , 2011
• Circulation of group A and B respiratory syncytial virus in Latvia. Balmaks R, A Kazāks, Ribakova I, Grope I, Gardovska D , Proceedings of 1st Baltic Paediatric Congress. Viļņa, Lietuva, May 19–22 , 2011
• Respiratori sincitiālā vīrusa apakšgrupu raksturojums Bērnu klīniskajā universitātes slimnīcā 2009./2010. gada epidēmiskajā sezonā. Balmaks R, A Kazāks, Ribakova I, Grope I, Gardovska D , RSU Zinātniskā konference, Rīga, Latvija, 14. – 15. aprīlis , 2011
• Proteīnu kristalogrāfijas pielietojums medicīnisku preparātu radīšanā K Tārs , LU 69. konference: Bioloģijas sekcijas plenārsēde, Rīga. , 2011
• The three-dimensional structure of the A1 protein from bacteriophage Qβ J Rūmnieks, K Tārs , FEMS 2011 kongress, Ženēva, Šveice , 2011

Ātrās saites

• BMC e-pasts
• Iepirkumi
• Iepirkumu arhīvs
• ES finansētie projekti 2014-2020
• ES finansētie projekti 2007-2013
• NFI finansētie projekti
• Masu medijiem

Grupas ātrās saites

• Pētniecība
• Zinātniskais personāls
• Sadarbības partneri
• Publikācijas

Aktuālie projekti