Studijas Pētniecības darbi
Studijas

Pētniecības darbi

BMC ir draudzīga vide dažādiem pētījumiem, kurus ar pasaules līmeņa aparatūras palīdzību veic augsti kvalificēti speciālisti dažādos pētījumu virzienos (skat. sadaļu Virzieni). Katru gadu aptuveni 50 studentu no Latvijas Universitātes Bioloģijas, un Medicīnas fakultātēm, Rīgas Stradiņa universitātes ārstniecības un farmācijas fakultātēm, kā arī dažādām RTU fakultātēm, pētījumu institūta speciālistu vadībā veic savu kursa, bakalaura un doktora darbu ietvaros nepieciešamos eksperimentus un novērojumus, un pēc tam ziņo par tiem laboratoriju un grupu semināros un kolokvijos. Katru gadu LBMC tiek aizstāvēti vidēji 10 kursa darbi, 9 bakalaura darbi, 8 maģistra darbi, kā arī 2 disertācijas. Arī skolēniem, kuri ir ieinteresēti biomedicīnā, ir iespējams izstrādāt savus zinātniski pētnieciskos darbus mūsu institūtā.

Kursa, bakalauru, maģistru un doktoru darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga un Vītolu fondu stipendijas, LZP (Latvijas Zinātnes Padome) finansiālu atbalstu, ESF (Eiropas Sociālais Fonds) stipendijas. 

BMC regulāri uzņem ārzemju docētājus un studentus t.sk. nodrošinot studentiem iespējas izstrādāt promocijas darbus.

KURSA, BAKALAURA UN MAĢISTRA DARBU IZSTRĀDES IESPĒJAS

LATVIJAS BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRĀ

 

PIETEIKŠANĀS KĀRTĪBA

Lai pieteiktos uz kādas kursa, bakalaura vai maģistra darba tēmas izstrādi, pretendentam uz BMC Studiju direktora e-pastu (kaspars@biomed.lu.lv) jāatsūta CV un īsa motivācijas vēstule, kurā paskaidrots, kāpēc izvēlēta tieši šī tēma.  Pēc iepazīšanās ar pretendenta CV un motivācijas vēstuli, konkrētās tēmas vadītājs aicinās pretendentu uz individuālām pārrunām.

Pētījumu tēmas

Nr. p.k.

Tēmas nosaukums

Tēmas vadītājs

Pētījuma mērķis

Darba uzdevumi

Piezīmes

1.

Neiromuskulāro  slimību (miotoniskās distrofijas 1. un 2. tipa, spinocerebrālās ataksijas) diagnostikas metožu optimizācija un pielietošana praksē

Zinātniskā asistente Dita Kidere/ Dr.biol. Inna Iņaškina  (Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa, vadītāja Dr.biol. Inna Iņaškina)

Optimizēt un pielietot praksē miotoniskās distrofijas un spinocerebrālās ataksijas diagnostikas metodi

Izstrādātas diagnostikas metodes optimizēšana un pielietošana, izmantojot Sangera sekvenēšanu, īso tandēmu atkārtojumu analīzi, u.c. molekulārās bioloģijas metodes

Kursa darbs bioloģijas studentiem vai bakalaura darbs farmācijas studentiem

2.

Mitohondriālo slimību molekulāro mehānismu izpēte

Zinātniska asistente Dita Kidere / Dr.biol. Inna Iņaškina

(Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa, vadītāja Dr.biol. Inna Iņaškina)

Raksturot mtDNS polimorfismu un mutāciju ietekmi uz šūnas funkcijām

Pacientu mtDNS analīze. Citoplazmatisko hibrīdu šūnu modeļu izveide un novērtēšana, izmantojot OXPHOS enzīmu aktivitātes mērījumus, respirometriju, ATF daudzuma noteikšanu, Sangera sekvenēšanu, transkriptoma analīzi u.c. molekulārās bioloģijas metodes.

Tēma piemērota gan kursa, gan bakalaura, gan maģistra darba izstrādei (atkarībā no darba veida atšķirsies darba uzdevumi un tiks lietotas dažādas metodes)

3.

Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze

Dr.biol. Pāvels Zajakins

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt.

Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus.

Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm.

4.

Ekstracelulāro vezikulu modificēšana tumorsuppresoro miRNS nogādāšanai vēža šūnās.

Dr. biol. Artūrs Ābols

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Modificēt mzenhimālās cilmes šūnas (MSC), lai tās producētu ekstracelulārās vezikulas (EV), kas staru tumorsupresorās miRNS un himēro virsmas proteīnu ar proteīna G - IgG saistošo domēnu

Izveidot MSC šūnas, pielietojot lentivīrusu vektorus, kas producē EVs ar miRNS, kas nomāc vēža attīstību un virsmas proteīnu, kas ļauj pie tām piesaistīt antivielas. Testēt jauniegūto EV uzņemšanas specifiskumu vēža šūnās un to efektivitāti pielietojot dažādas molekulārās un šūnas bioloģijas metodes.

Pamatzināšanas molekulārā bioloģijā.

5.

Ekstracelulāro vezikulu RNS satura izpēte

Andreas Berger & Artūrs Bušs

(Vēža biomarķieru un Imunoterapijas grupa, vadītāja Prof. Aija Linē)

Izpētīt cilvēka plazmā esošo ekstracelulāro vezikulu (EV) subpopulāciju RNS saturu un novērtēt to pielietojuma iespējas prostatas vēža diagnostikā.

(1) EV izdalīšana no plazmas un urīna paraugiem; (2) Prostatas-specifisko EV subpopulāciju izdalīšana, izmantojot magnētiskās lodītes; (3) PSMA un CD9 pozitīvo EV subpopulāciju RNS sekvenēšana un biomarķieru identificēšana; (4) PSMA-pozitīvo subpopulāciju RNS biomarķieru kvantificēšana, izmantojot digitālo PCR.

Nepieciešamas labas angļu sarunvalodas prasmes.

6.

Prostatas vēža biomarķieru testu izstrāde

Cristina Bajo & Kristīne Soboļevska (Vēža biomarķieru un Imunoterapijas grupa, vadītāja Prof. Aija Linē)

Izstrādāt kvantitatīvā un digitālā PCR testus RNS biomarķieru analīzei urīna ekstracelulārajās vezikulās (EVs).

EV izolēšana no urīna paraugiem, RNS izolēšana, RT-qPCR un RT-dPCR testu izstrāde un optimizācija, datu analīze

Nepieciešamas labas angļu valodas zināšanas

Testing of potential Prostate Cancer RNA biomarkers for early-diagnostics

Kristine Sobolevska, Cristina Bajo

(Aija Line lab)

Development of qPCR assays for validation of Extracellular Vesicles RNA markers that could serve to detect Prostate Cancer in a non-invasive manner using urine as source Isolation of Extracellular Vesicles from Urine by Size Exclusion Chromatography; Isolation of RNA; qPCR assays; data analysis Student should be aware that part of the instruction will be given in English, as one of the supervisors is a foreigner, but thesis could be handed in Latvian

7.

Zarnu mikrobioma kompozīcija diētas ar paaugstinātu tauku saturu ierosināta 2. tipa cukura diabēta peļu modelī

Zinātniskā asistente Laila Silamiķele

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr. biol. Jānis Kloviņš)

Noteikt mikroorganismu profilus peļu modeļa zarnu mikrobioma paraugos, pētīt to saistību ar dažādiem metabolajiem fenotipiem.

Mikroorganismu profila noteikšana, izmantojot NGS, sekvenēšanas datu analīze.

Interese par mikroorganismu daudzveidību, labas prasmes darbā ar datoru, angļu valodas zināšanas.

8.

Latvijas hipofīzes adenomas pacientu populācijas anonimizētu medicīnisko datu apkopošana un statistiskā analīze

Dr. biol. Vita Rovīte (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Apkopot Valsts iedzīvotāju genoma datubāzē iesaistīto Latvijas hipofīzes adenomas pacientu klīniskos datus, noskaidrot populācijas parametrus, stratificējošos faktorus un to saistību ar ģenētiskajiem marķieriem un slimības klīnisko norisi.

Darbs ar anonimizētu pacientu datubāzi: apkopot datubāzē esošo informāciju, veikt datu aprakstošo statistiku, pētīt medicīnisko datu saistību ar ģenētiskajiem marķieriem (SNP) un hipofīzes adenomu griezumu/ šūnu eksperimentu rezultātiem.

Vēlamas pamazināšanas statistikā, darbā ar datubāzēm, vēlme mācīties un precizitāte.

9.

Hipofīzes adenomu transkriptoma NGS analīze

Pētnieks Raitis Pečulis (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Raksturot hipofīzes adenomu audu RNS profilus un noskaidrot noteiktu marķieru nozīmi audzēju attīstībā, prognostikā un atbildē uz terapiju.

Veikt hipofīzes adenomu audu priekšapstrādi, sagatavot transkriptoma bibliotēkas un veikt to kvalitātes kontroli, veikt iegūto datu bioinformātisku un statisku analīzi.

 

10.

Hipofīzes adenomas  šūnu populāciju raksturošana

Pētniece Ilona Mandrika

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Identificēt dažādus šūnu subtipus hipofīzes adenomās un raksturot tajos audzēja attīstību veicinošas mutācijas.

Audzēja šūnu kultūras iegūšana no hipofīzes adenomas operāciju paraugiem.  Audzēja šūnu šķirošana izmantojot šūnu specifiskos marķierus. Individuālo hipofīzes adenomu šūnu visa genoma pavairošana un audzēja specifisko mutāciju novērtējums.

 

11.

Cilvēka zarnu mikrobioma variācija diētas faktoru ietekmē

Pētniece Ineta Kalniņa

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Pētījuma galvenais mērķis ir noskaidrot kūpinātu pārtikas produktu ietekmi uz zarnu mikrobioma sastāvu, funkcionālām izmaiņām un šo izmaiņu potenciālo nozīmi metabolisma regulācijā.

Zarnu mikrobioma metagenomu bibliotēku sagatavošana un lielapjoma paralēlās sekvencēšanas datu analīze.

Jāņem vērā, ka pieejamā literatūra ir angļu val.

12.

RNS un proteīna mijedarbību pētījumi mazajiem RNS bakteriofāgiem

Zinātniskais asistents Mihails Šišovs

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

Pētīt mazo RNS bakteriofāgu apvalka proteīna un genomiskās RNS cilpkātu mijeidarbības, izmantojot ģenētisko inženieriju un bakreriālās ekspresijas sistēmas

Uzkonstruēt vektorplazmīdu, veikt PCR, DNS fragmentu ligēšanu, baktēriju šūnu transformāciju un gēnu ekspresiju

Vēlamas priekšzināšanas: Molekulārajā ģenētikā, ķīmijā, prasme strādāt laboratorijā, pētīt informācijas avotus

13.

DNS bakteriofāgu hipotētisko proteīnu ekspresija, attīrīšana un kristalizēšana

Zinātniskā asistente Elīna Černooka

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

 

Izstrādāt shēmu 1-2 proteīnu iegūšanai un kristalizēšanai, lai turpmākajos pētījumos noteiktu šo proteīnu 3D struktūru un skaidrotu to iespējamās funkcijas

Ekspresijas plazmīdu konstruēšana (PCR, DNS šķelšana, DNS ligēšana, transformēšana, sekvenēšana); mērķa proteīnu producēšana E. coli un attīrīšana; proteīnu kristalizēšanās apstākļu noteikšana un optimizēšana

Tēma paredzēta kursa darba izstrādei; vēlama interese par vīrusu daudzveidību un proteīnu bioloģiju, kā arī labas angļu valodas zināšanas

14.

Ar epilepsiju saistītās ogļskābes anhidrāzes XIV izoformas strukturālie pētījumi

Zinātniskais asistents Elviss Bērtulis

 

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

 

Izstrādāt proteīna iegūšanas, attīrīšanas un kristalizācijas shēmu, lai veicinātu tālāku strukturāli bāzētu ligandu izveidi

PCR, DNS šķelšana un ligēšana, restrikcija, transformēšana, mērķproteīna producēšana, sekvencēšana, elektroforēze agarozes un poliakrilamīda gēlos, proteīnu attīrīšana ar hromatogrāfiju, aktivitāšu mērījumi, proteīnu kristalizācija

Nepieciešamas labas angļu valodas zināšanas

15.

Genoma telpiska regulācija: heterohromatīns, kodoliņš un hromatīna tīkls

Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa

(Vēža šūnas bioloģijas grupa, vadītāja Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa)

Pārbaudīt darba hipotēzi, ka visparēja mRNS transcripcija tiek regulēta ar heterohromtīna 3D struktūru.

Eksperimenti šūnu kultūrā, ietekmējot mRNS sintēzi un izmantojot fluorescentas antivielu proves, 2D un 3D šūnu kodola mikroskopija un attēla analīze.

Interese strādāt ar mikroskopu, spēja pielietot PC progmmatūru, hromatīna organizācijas un minimālās fizikas zināšanas. Tēma paredzēta bakalaura un maģistra darba izstrādei.

16.

DNS bakteriofāgi

Dr.biol. Andris Dišlers

(Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Andris Dišlers)

No Enterobaktērijām jauniegūtu DNS-fāgu raksturošana

DNS-fāgu iegūšana, attīrīšana un raksturošana

Priekšzināšanas nav nepieciešamas, tēma paredzēta kursa vai bakalaura darba izstrādei

17.

Vides paraugu mikrobioma analīze

Zinātniskais asistents Alisa Kazarina

(Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka)

Noteikt mikroorganismu profilu vides paraugos izmantojot 16S rRNA gēnu analīzi.

Sumārās DNS izdalīšana no dažādiem vides paraugiem ar sekojošu mikroorganismu klātbūtnes analīzi izmantojot konvencionālās un NextGen sekvenēšanas metodes.

Vēlama interese par mikrobioloģiju un mikroorganismu daudzveidību ārējā vidē, labas iemaņas darbā ar datoru, angļu valodas zināšanas.

18.

Mitohondriālās DNS analīze ar NGS metodēm

Zinātniskais asistents Jānis Ķimsis

(Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka) 

Izveidot mūsdienu Latvijas iedzīvotāju mtDNS paraugkopu, veikt filoģenētisko analīzi attiecībā pret citu ģeogrāfisko apvidu un seno mtDNS.

Pilnās mtDNS sekvenēšana ar NGS, filoģenētiskā analīze.

Ģenētikas priekšzināšanas.

Ātrās saites



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".