Studijas Pētniecības darbi
Studijas

Pētniecības darbi

BMC ir draudzīga vide dažādiem pētījumiem, kurus ar pasaules līmeņa aparatūras palīdzību veic augsti kvalificēti speciālisti dažādos pētījumu virzienos (skat. sadaļu Virzieni). Katru gadu aptuveni 50 studentu no Latvijas Universitātes Bioloģijas, un Medicīnas fakultātēm, Rīgas Stradiņa universitātes ārstniecības un farmācijas fakultātēm, kā arī dažādām RTU fakultātēm, pētījumu institūta speciālistu vadībā veic savu kursa, bakalaura un doktora darbu ietvaros nepieciešamos eksperimentus un novērojumus, un pēc tam ziņo par tiem laboratoriju un grupu semināros un kolokvijos. Katru gadu LBMC tiek aizstāvēti vidēji 10 kursa darbi, 9 bakalaura darbi, 8 maģistra darbi, kā arī 2 disertācijas. Arī skolēniem, kuri ir ieinteresēti biomedicīnā, ir iespējams izstrādāt savus zinātniski pētnieciskos darbus mūsu institūtā.

Kursa, bakalauru, maģistru un doktoru darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga un Vītolu fondu stipendijas, LZP (Latvijas Zinātnes Padome) finansiālu atbalstu, ESF (Eiropas Sociālais Fonds) stipendijas. 

BMC regulāri uzņem ārzemju docētājus un studentus t.sk. nodrošinot studentiem iespējas izstrādāt promocijas darbus.

KURSA, BAKALAURA UN MAĢISTRA DARBU IZSTRĀDES IESPĒJAS

LATVIJAS BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRĀ

 

PIETEIKŠANĀS KĀRTĪBA

Lai pieteiktos uz kādas kursa, bakalaura vai maģistra darba tēmas izstrādi, pretendentam uz BMC Studiju direktora e-pastu (kaspars@biomed.lu.lv) jāatsūta CV un īsa motivācijas vēstule, kurā paskaidrots, kāpēc izvēlēta tieši šī tēma.  Pēc iepazīšanās ar pretendenta CV un motivācijas vēstuli, konkrētās tēmas vadītājs aicinās pretendentu uz individuālām pārrunām.

Nr.p.k.

Tēmas nosaukums

Tēmas vadītājs

Pētījuma mērķis

Darba uzdevumi

Piezīmes

 

1.

 

 

Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze

Dr.biol. Pāvels Zajakins

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt.

Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus.

Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm.

 

 

2.

 

 

 

Genoma telpiska regulācija: heterohromatīns, kodoliņš un hromatīna tīkls 

Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa

(Vēža šūnas bioloģijas grupa, vadītāja Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa)

Pārbaudīt darba hipotēzi, ka visparēja mRNS transcripcija tiek regulēta ar heterohromtīna 3D struktūru. 

Eksperimenti šūnu kultūrā, ietekmējot mRNS sintēzi un izmantojot fluorescentas antivielu proves, 2D un 3D šūnu kodola mikroskopija un attēla analīze.

Interese strādāt ar mikroskopu, spēja pielietot PC progmmatūru, hromatīna organizācijas un minimālās fizikas zināšanas. Tēma paredzēta bakalaura un maģistra darba izstrādei.

3.

DNS bakteriofāgi

Dr.biol. Andris Dišlers

(Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Andris Dišlers)

No Enterobaktērijām jauniegūtu DNS-fāgu raksturošana

DNS-fāgu iegūšana, attīrīšana un raksturošana

Priekšzināšanas nav nepieciešamas, tēma paredzēta kursa vai bakalaura darba izstrādei

4.

Vides paraugu mikrobioma analīze 

Zinātniskais asistents Alisa Kazarina

(Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka)

Noteikt mikroorganismu profilu vides paraugos izmantojot 16S rRNA gēnu analīzi.

Sumārās DNS izdalīšana no dažādiem vides paraugiem ar sekojošu mikroorganismu klātbūtnes analīzi izmantojot konvencionālās un NextGen sekvenēšanas metodes.

Vēlama interese par mikrobioloģiju un mikroorganismu daudzveidību ārējā vidē, labas iemaņas darbā ar datoru, angļu valodas zināšanas.

5.

Ģenētiski pārmantotas slimības (mukolipidozes) individualizētas diagnostikas izstrāde un pielietošana praksē.

Zinātniskais asistents Jānis Stāvusis

(Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa, vadītāja v.i. Dr.biol. Inna Iņaškina)

Izstrādāt, validēt un pielietot individualizētu mukolipidozes diagnostikas metodi.

Diagnostikas metodes izveide, validēšana un pielietošana, izmantojot Sangera sekvenēšanu, u.c. molekulārās bioloģijas metodes.

 

6.

Neiromuskulāro  slimību (miotoniskās distrofijas) diagnostikas metožu optimizācija un pielietošana praksē

Zinātniskā asistente Dita Pelnēna

(Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa, vadītāja v.i. Dr.biol. Inna Iņaškina)

Optimizēt un pielietot praksē miotoniskās distrofijas diagnostikas metodi.

Izstrādātas diagnostikas metodes optimizēšana un pielietošana, izmantojot Sangera sekvenēšanu, īso tandēmu atkārtojumu analīzi, u.c. molekulārās bioloģijas metodes.

n/a

7.

Hipofīzes adenomas NGS datu analīze 

Zinātniskais asistents Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Mērķis atklāt ģenētiskos cēloņus hipofīzes adenomu izveidei un to klīniskajam fenotipam. Izprast adenomas klonalitāti, mutāciju biežumu un genoma strukturālās izmaiņas.

Hipofīzes adenomu pacientu eksoma sekvencēšanas datu (no Ion Torrent sistēmas) pirmsapstrāde, kvalitātes kontrole un analīze. Paraugi - germline un somatiskais DNS.

n/a

8.

Jaunu vīrusveidīgo daļiņu vektoru konstruēšana gripas vīrusa imunoloģisko epitopu eksponēšanai

Zinātniskā asistente Anna Kiršteina

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. biol. Andris Kazāks)

 Pētīt iespējas integrēt konservatīvus gripas vīrusa imunoloģiskos epitopus vīrusveidīgās daļiņās jaunu vakcīnu prototipu izstrādei

Apgūt standarta molekulārās bioloģijas un mikrobioloģijas metodes, t.sk. PCR, gēnu klonēšanu un sekvenēšanu, rekombinanto proteīnu ekspresiju, optimizāciju un šķīdības raksturošanu. 

n/a

9.

Jaunu RNS bakteriofāgu vīrusveidīgo daļiņu izmantošana vakcīnu kandidātu iegūšanai

Zinātniskā asistente Ilva Liekniņa

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītāji Dr.biol. Kaspars Tārs un Dr. Biol. Andris Kazāks)

Pētīt dažādu jauniegūtu RNS bakteriofāgu vīrusveidīgo daļinu piemērotību vakcīnu konstruēšanai. Darba gaitā aptuveni 30 VLP sastāvā tiks inkorporēti proteīni no Laimas slimību izraisošās baktērijas Borrelia burgdorferi.

Molekulārās klonēšanas metodes (DNS ligēšana, šķelšana, PCR, transformēšana, sevenēšana), proteīnu producēšana E.coli, proteīnu attīrīšana un analīze.

 

n/a

10.   

Brīvā DNS izdalīšana un analīze no hipofīzes audzēju pacientu plazmas paraugiem 

Dr.biol. Vita Rovīte

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Asins plazmas monitorings hipofīzes audzēju pacientiem

Darba gaitā no hipofīzes audzēju pacientu plazmas tiks izdalīts brīvi cirukējošais DNS, tiks novērtēta tā kvalitāte un nepieciešamības gadījumā veikta metodes optimizācija. Izdalītajā brīvi cirkulējošā DNS paraugā tiks identificēts hipofīzes audzēja izcelsmes DNS un raksturoti specifiski ģenētiskie marķieri, kas raksturīgi šiem audzējiem.

Spēja patstāvīgi lasīt zinātnisko literatūru angliski

11.   

Hipofīzes adenomu NGS datu analīze

Zinātniskais asistents Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Pētīt ģenētiskos cēloņus hipofīzes adenomu izveidei un klīniskā fenotipa mainībai

Veikt lielapjoma sekvencēšanas datu analīzi - vispārējo raksturojumu, kvalitātes kontroli, variāciju sastāvu, variāciju validāciju un raksturošanu. Literatūras izpēte. Programmu un paņēmienu izpēte.

Angļu valoda - lasīt un rakstīt. Precizitāte. Labas prasmes darbā ar datoru. Matemātiskā domāšana.

12.   

Hipofīzes adenomu pacientu genotipēšana/sekvencēšana 

Zinātniskais asistents Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Hipofīzes adenomu celoņu sastopamības noskaidrošana pacientiem Latvijā

Literatūras analīze. DNS Sangera sekvencēšana. Heterozigotitātes zuduma analīze.

Angļu valodas zināšanas - lasīt un rakstīt. Labas datorprasmes. Precizitāte.

13.   

Eksoma sekvencēšanas datu analīze ģimenēs ar pārmantotu cukura diabētu 

Zinātniskais asistents Ivars Silamiķelis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Kursa darba mērķis ir apgūt otrās paaudzes sekvencēšanas datu analīzes standarta metodes un noteikt jaunus ar MODY risku saistītus kandidātgēnus.

 

Kursa darbs tiks īstenots monogēnā cukura diabēta formu ģenētisko riska faktoru pētījumos Latvijas ģimenēs. Analīzei paredzētie eksoma sekvencēšanas dati ir iegūti no ģimenēm ar pārmantotu cukura diabētu, kurās līdz šim aprakstīto MODY (biežākā monogēnā cukura diabēta forma) riska gēnu sekvencēšanas rezultātā nav atrastas diabētu izraisošas ģenētiskas izmaiņas. Eksoma sekvencēšana šādos gadījumos sniedz iespēju meklēt jaunus ar slimības risku saistītus kandidātgēnus. Darba izstrādē tiks veikta otrās paaudzes sekvencēšanas datu analīze ar Linux komandrindu starpniecību un atvērtā koda programmatūru.

n/a

14.   

Medikamenta metformīna darbības mehānismu izpēte saistībā ar izmaiņām zarnu mikrobiomā 

Dr.biol. Ineta Kalniņa

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Pētījuma mērķis ir noskaidrot perorāla antidiabētiskā medikamenta metformīna ietekmi uz zarnu mikrobiomu.

Pētījuma ietvaros tiks noteiktas zarnu traktā pārstāvēto baktēriju taksonu izmaiņas, veicot 16S rRNS gēna fragmentu analīzi ar uz IonTorrent tehnoloģiju balstītu lielapjoma paralēlo sekvencēšanu. Iegūtie rezultāti veicinās izpratni par funkcionālajiem mehānismiem, kas ir metformīna ietekmes uz organismu pamatā.

n/a

15.   

Prostatas vēža šūnu producēto ekstracelulāro vezikulu lomas izpēte prostatas vēža progresijā peļu modelī

Dr.biol. Zane Kalniņa (Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Salīdzināt divu dažādu prostatas vēža šūnu līniju (metastātiskas un nemetastātiskas) producēto ekstracelulāro vezikulu ietekmi uz audzēja augšanas ātrumu un metastazēšanās potenciālu pelēm ar inducētu prosatatas vēzi.

Apgūt pamatprincipus darbam ar laboratorijas dzīvniekiem, veikt mikroskopisku audzēja audu analīzi, izolēt ekstracelulārās vezikulas no asins plazmas paraugiem un veikt to molekulāro raksturošanu.

Labas angļu valodas zināšanas. Precizitāte un atbildības sajūta.

16.   

Hipofīzes adenomas  šūnu populāciju raksturošana

Pētniece Ilona Mandrika (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Identificēt dažādus šūnu subtipus hipofīzes adenomās un raksturot tajos

audzēja attīstību veicinošas mutācijas.

Audzēja šūnu kultūras iegūšana no hipofīzes adenomas operāciju paraugiem.  Audzēja šūnu šķirošana izmantojot šūnu specifiskos marķierus. Individuālo hipofīzes adenomu šūnu visa genoma pavairošana un audzēja specifisko mutāciju novērtējums.

 

17.   

Jaunu antibakteriālu sortāzi A inhibējošu savienojumu meklējumi

Zin. asistente Viktorija Kurbatska

(Antibakteriālu un pretvēža savienojumu pētījumu grupa, vadītājs Dr.biol. Ainārs Leončiks)

Atlasīt un raksturot jaunus antimikrobiālu preparātus, derīgus multirezistentu infekciju terapijai

DNS klonēšana, proteīnu ekspresija, attīrīšana un raksturošana, vielu skrīnings, atlase un pārbaudes prokariotiskās un eikariotiskās šūnu sistēmās

Interese strādāt šādās biomedicīnas pētījumu jomās: molekulārā bioloģija, bioķīmija, mikrobioloģija

18.

 Epiģenētisko biomarķieru identifikācija 2. tipa cukura diabēta terapijas efektivitātes izvērtēšanai.

 Zinātniskā asistente M. Ustinova (Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Validēt epiģenētiskos biomarķierus metformīna terapijas efektivitātes izvērtēšanai 2. tipa cukura diabēta pacientu grupā.

Veikt DNS metilācijas analīzi, izmantojot uz q-PCR balstītu MethyLight metodi, analizēt iegūtos datus.

Tēma paredzēta kursa darba izstrādei.

19.
Fluorescneto krāsvielu testēšana diagnostikas mērķiem Dr.biol. Dace Pjanova Plazmas albumīnu un šūnas membrānu īpašību raksturošana  ar mērķi atlasīt fluorohromus pielietošanai diagnostikā Plazmas albumīnu un šūnu membrānu iekrāsošana ar fluorescentām krāsvielā normā un patoloģijā, krāsvielu spektru analīze, mikroskopija. Audzēju šūnu raksturošana  in vitro modeļos saistība ar izmaiņām  migrācijas procesos. n/a

Ātrās saites



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".