09.12.2019 at 17:10:40    

 Welcome, Guest. Please Login.
1  Public Category / News / Re: ES struktūrfondu projekti
 on: 20.09.2011 at 20:26:09 
Started by YaBB Administrator | Post by LieNik


 
2010. gada 1. oktobrī BMC tika uzsākta ERAF 2.1.1.1. aktivitātes projekta „Jauna tipa terapeitisko anti-HCV individualizēto vakcīnu prototipu izstrādāšana” īstenošana.  
 
Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros  
Projekta vienošanās Nr. 2010/0233/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/164
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (01.10.2010.-30.09.2013.)
Projekta kopējais finansējums: 266419 LVL
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. Irina Sominska
Kā sadarbības partneris - Valsts aģentūra “Latvijas Infektoloģijas centrs”  
 
Projekta vispārīgais mērķis – HCV hronisko pacientu ārstēšanas efektivitātes paaugstināšana.
Projekta specifiskais mērķis – jauna tipa individuālo terapeitisko vakcīnu prototipu izstrāde un universālas laboratorijas tehnoloģijas izstrāde šādā tipa vakcīnas ražošanai.
 
Mūsu projekts paredz anti-HCV individuālas terapeitiskas vakcīnas prototipa izstrādi. Idejas pamatā ir vīrusa strukturālās daļas mainīgo un nestrukturālās daļas konservatīvo rajonu kombinācija. Šāda tipa vakcīna varētu būt efektīva hroniskas infekcijas gadījumā.
Vakcīnas prototipa proteīna daļa sastāv no vīrusa apvalkproteīna E2 augsti mainīgās daļas (hipervariablais reģions, HVR1). HVR1 sekvence tiks izvēlēta individuāli, izmantojot attiecīgā pacienta serumā esošo HCV genoma materiālu.  
Vakcīnas protoptipa DNS komponentei tiks izmantotas augsti konservatīvo nestrukturālo proteīnu NS3/4a CTL un T-helperu epitopus. Kā alternatīvs variants var tikt izmantota plazmīda, kas satur pilnu NS3/4a proteīnus kodējošu sekvenci. NS3/4a sekvence tiks konstruēta pēc konsensus principa, kombinējot Latvijā izplatītāko 1b subtipa HCV izolātu sekvences.
Tieši HVR1 rajona augstā mainība, no mūsu viedokļa, rada nepieciešamību veidot personalizētās jeb individuālās vakcīnas, kas būtu efektīgas pret konkrētā slimnieka hepatīta C vīrusu. Nosakot šī konkrētā vīrusa attiecīgo HVR1 rajona sekvenci, var veidot vakcīnu modeļus, kuros paredzēta šīs sekvences ekspresija un spēja izsaukt konkrēto vīrusu neitralizējošu antivielu veidošanos. Pētījumos ar šimpanzēm tika parādīts, ka HVR1 rajons satur vīrusu neitralizējošus epitopus (17-22). Nesen tika demonstrēta saistība starp akūtās virēmijas samazināšanos un HCV pseidovīrusus neitralizējošu antivielu līmeni (23,24). Retos gadījumos spontāna hroniskās infekcijas pārvarēšana ir saistīta ar augstiem anti-E2 antivielu titriem, kuras spēj bloķēt vīrusa mijiedarbību ar svarīgu receptora komponenti (25; 26). Antivielu aizsarglomu apstiprina fakts, ka ievērojami smagāka slimības hroniskā gaita tiek novērota hipogammaglobulinēmijas pacientiem (25, 27). Šimpanzu inficēšanos ar HCV ir izdevies pilnīgi novērst, ievadot tām pēc inokulācijas trušu anti-HCV antiserumus (21; 28).
NS3/4a proteīnam, vienam no konservatīvākajiem dažādos HCV genotipos, piemīt serīna proteāzes un helikāzes aktivitāte (29). Proteīna NS3 rajons satur CD4+ T-helperu epitopus un vairākus CTL epitopus. Šūnu imūnā atbildes pret NS3/4a proteīnu ātrums un intensitāte nosaka organisma atbrīvošanas no HCV infekcijas (30, 31). Līdz ar to, NS3/4a var kalpot kā būtiska HCV vakcīnas kandidāta komponente. Nesen DNS vakcīnas veidā ir tikusi demonstrēta NS3/4a augstā imunogenitāte kā pelēs, tā arī ar HCV inficētajos cilvēkos (32).  
Kā vispiemērotāko VLP vektoru, mēs plānojam izmantot rekombinanto HBc, kurš tiek ekspresēts E.coli sistēmā un spēj tajā veidot VLP ar augstu efektivitāti (8). Uz šo VLP bāzes šajā projektā tiks veidotas himerās HVR1 saturošas rekombinanto proteīnu konstrukcijas, kas nodrošinās tajās ieslēgto heterologo proteīnu fragmentu imunogentitāti, pateicoties VLP molekulārajai organizācijai un tām piemītošai augstai imunogenitātei per se. Rekombinantais HBc kā heterologu sekvenču nesējproteīns, efektīvi aktivē T-helperiem 1 līdzīgo -IFN atbildi (33). Izmantojot BMC Proteīnu inženierijas pieredzi himēro VLP konstruēšanā, ir iespējams konstruēt universālu vektoru kopu, kas ļaus veikt vakcīnu modeļu dizainu un prototipu izstrādni, rekombinanto VLP sastāvā ieslēdzot noteiktu proteīnu izvēlētās mērķsekvences tādā veidā, lai netraucētu nesējproteīna HBc pašsavākšanās spēju.  
CTL atbildes aktivācijai visefektīvākā ir ģenētiskā imunizācija ar DNS, kur ir iekļauts HBc gēns (34). NS3/4a epitopus ir paredzēts klonēt HBc gēna 3’galā.  
Būtiski ir arī tas, ka mums ir iespējas veikt pilnu pētījumu ciklu, kas ietver vakcīnu kandidātu dizainu, modelēšanu, variantu konstruēšanu un to strukturāli funkcionālu izpēti. Tehnoloģijas izstrādne paredz himēro VLP ekspresijas optimizāciju, to iegūšanas cikla izveidošanu, izmantojot pašas jaunākās proteīnu attīrīšanas metodes. Laboratorijas aprīkojums pilnībā nodrošina GLP (good laboratory practice) apstākļus.
______________________________
Paveiktais līdz 31.08.2011.:
 
Pētniecības aktivitāte  Nr.1.  Proteīnu un DNS vakcīnu komponentu iegūšana un raksturošana.  

Proteīnu vakcīnu komponentu iegūšanai tika izveidoti rekombinanto prokariotisko ekspresijas konstrukciju varianti uz modificēta cilvēka hepatīta B vīrusa kora antigēna (HBc) platformas. No literatūras datiem tika atlasītas hepatīta C vīrusa (HCV) HVR1 sekvences ar augsto  krustreaktivitātes potenciālu. Paralēli no atlasīto HCV pacientu serumu paraugiem tika amplificēti, ieklonēti un nosekveneti HCV genoma HVR1 reģioni. Iegūtas sekvences tika ieklonētas  atbilstošajos HBcAg vektoros. Iegūtas konstrukcijas tika ekspresētās E.coli šūnās pielietojot dažādas kultivēšanas kondīcijas. Nosakot HBc/HVR1 rekombinanto proteīnu saturu un struktūru iegūtajā biomasā tika izvelvētas labākas ekspresijas konstrukcijas un optimālie ekspresijas apstākļi.
Atlasītas vīrusveidīgo daļiņu veidojušas konstrukcijas tika ekspresetas E.coli šūnās, iegūstot biomasu ar augsto rekombinanto proteīnu saturu. Pielietojot dažādas bioķīmijas un fizikālas ķīmijas metodes tika izveidotas rekombinanto proteīnu attīrīšanas un glabāšanas shēmas, kas ļauj iegūt lielo daudzumu augstas tīrības pakāpes HBc/HVR1 vīrusveidīgas daļiņas. Pielietojot tas, tika iegūti HVR1 sekvenču saturošie rekombinantie proteīni imunizācijas eksperimentiem nepieciešamā kvalitātē un daudzumā.    
 Tika savākti dati par Latvijā cirkulējošiem HCV NS3/4a reģionu sekvencēm. Šīm nolūkam no atlasīto HCV pacientu serumu paraugiem tika amplificēti, ieklonēti un nosekveneti HCV genoma NS3/4a reģioni. No iegūtām sekvencēm tika izveidota konsensus  NS3/4a  proteīnu sekvence, kas ir raksturīga Latvijā cirkulējošiem 1b genotipa HCV vīrusiem. NS3/4a  nukleotīdu konsensus sekvence tika optimizēta ekspresijai pelēs un cilvēka šūnu kultūrās.
 
Pētniecības Aktivitāte Nr.2. Dzīvnieku imunizācija.
Tika uzsakti peļu imunizācijas eksperimenti izmantojot himeras HBc/HVR1 vīrusveidīgas daļiņas.
Reply Quote Notify of replies  

2  Public Category / News / Re: ES struktūrfondu projekti
 on: 20.09.2011 at 20:13:10 
Started by YaBB Administrator | Post by LieNik


 
2010. gada 1. oktobrī BMC tika uzsākta ERAF 2.1.1.1. aktivitātes projekta „Jaunas universālas hepatīta B rekombinantās vakcīnas prototipa izstrāde” īstenošana.  
 
Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros  
Projekta vienošanās Nr. 2010/0233/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/048
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (01.10.2010.-30.09.2013.)
Projekta kopējais finansējums: 450000 LVL
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. Andris Dišlers
 
Projekta vispārīgais mērķis: Hepatīta B profilakse un terapija ar jaunas universālas hepatīta B vīrusa rekombinantās vakcīnas palīdzību.  
 
Projekta specifiskais mērķis: Izstrādāt hepatīta B universālas vakcīnas prototipu uz HBV kor-antigēna HBcAg un vīrusa preS daļas bāzes, kā arī tehnoloģiju augstas tīrības rekombinantā HBcAg-preS proteīna veidoto vīrusveidīgo daļiņu iegūšanai.
 
Projekts veltīts jauna tipa hepatīta B vakcīnas izstrādnei, jo pasaulē, tajā skaitā Latvijā, ir nobriedusi nepieciešamību pēc jaunas efektīgākas hepatīta B vakcīnas. Esošās vakcīnas 24 gadu laikā ir izsmēlušas savas iespējas, tām piemīt vairāki būtiski trūkumi - .relatīvi zema imunogenitāte un ierobežots pielietojums – tās ir profilaktiskas vakcīnas, kuras nav lietojamas hronisko hepatīta B slimnieku un HBV nēsātāju gadījumos. Projektā tiek izvirzīta jauna tipa vakcīnas koncepcija, kas balstās uz divu visimunogēnāko HBV proteīnu - HBcAg un preS1 apvienojumu augsti imunogēnu vīrusveidīgo daļiņu formā, kamēr esošās vakcīnas ir veidotas uz HBsAg proteīna bāzes, kuram ir ierobežota imunogenitāte.    
Jaunās vakcīnas prototipam jānodrošina:  
     1. ievērojami augstāka vakcīnas imunogenitāte, salīdzinot ar esošajām HBV vakcīnām,  
     2. vakcīnas efektivitāte mutantu HBV variantu gadījumos,  
     3. vakcīnas universālais raksturs – tai jābūt ar pielietojumu kā profilaktiskai vakcinācijai, ietverot personu grupas, uz kurām esošās vakcīnas bija neefektīvas, tā arī hronisko HBV slimniekus un HBV nēsātāju ārstēšanai.
Risinot uzstādītos uzdevumus, projekta ietvaros tiks veikts pētnieciskais darbs divos etapos:  
     1. izpētes etaps - vakcīnas koncepcijas realizācija un jaunā produkta testēšana,  
     2. tehnoloģiskais etaps – rūpnieciski lietojama himēro vīrusveidīgo daļiņu producenta izveide, producenta kultivēšanas tehnoloģijas atstrāde un vīrusveidīgo daļiņu iegūšanas tehnoloģijas izstrāde.
Reply Quote Notify of replies  

3  Public Category / News / Re: ES struktūrfondu projekti
 on: 17.09.2011 at 19:57:07 
Started by YaBB Administrator | Post by LieNik


 
2010. gada 1. oktobrī BMC tika uzsākta ERAF 2.1.1.1. aktivitātes projekta „Prognostiska imūnterapijas lietderīguma un efektivitātes testēšana: metodes izveide personalizētai imūnterapeitisko preparātu pielietošanai onkoloģijā” īstenošana.  
 
Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros  
Projekta vienošanās Nr. 2010/0233/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/076
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (01.10.2010.-30.09.2013.)
Projekta kopējais finansējums: 294938 LVL  
Projekta zinātniskā vadītāja: Dr. Dace Pjanova  
  
Projekta vispārīgais mērķis ir uzlabota onkoloģisko pacientu imūnterapijas efektivitāte.
Projekta specifiskais mērķis ir personalizētas prognostiskas in vitro testēšanas metodes izveide imūnterapetisko preparātu lietošanas lietderīguma paredzēšanai pirms terapijas uzsākšanas.
Lai nodrošinātu mērķu sasniegšanu, projekta ietvaros plānots īstenot šādas aktivitātes:
1. Pētniecība (rūpnieciskais pētījums):  
     1.1. preparātu ierosināto limfocītu sub-populāciju noteikšana,
     1.2. preparātu ierosināto limfocītu aktivitātes noteikšana,
     1.3. preparātu ierosināto limfocītu ekspansijas noteikšana atsevišķās sub-populācijās un to  
           aktivitātes noteikšana dažādās onkoloģisko pacientu grupās,
     1.4. Personalizētas prognostiskas imūnterapeitisko preparātu efekta in vitro testēšanas    
            metodikas izstrāde.  
2. Pētniecības rezultātu publiskas pieejamības nodrošināšana  
 
Projekta rezultātā tiks izstrādāta personalizēta prognostiska imūnterapeitisko preparātu lietošanas lietderīguma un efektivitātes in vitro testēšanas metodika ar pielietojumu klīnikā onkoloģisko pacientu imūnterapijas prognozējamības paaugstināšanai un imūnterapijas efektivitātes palielināšanai, piemeklējot katram pacientam piemērotāko preparātu un devu. Projekta rezultātā tiks izstrādāts metodes detalizēts aprakts.
_______________________________
 
Projekta ietvaros līdz 2011. gada 31. augustam ir paveikts sekojošais:
 
Aktivitāte Nr.1. Pētniecība (rūpnieciskais pētījums)
Apakšaktivitāte Nr. 1.1. Preparātu ierosināto limfocītu sub-populāciju noteikšana

 
Trešajā atskaites periodā aktivitātes ietvaros:
1.      Veikta imūnmodulatoru citopātiskas devas noteikšana normālo fibroblastu šūnu kultūrā HS-68 (tā kā Larifāns limfocītu šūnu kultūrās nebija citopātisks pat lielās koncentrācijas (skat. pārskatu Nr.2), tika nolemts tā citopātisko devu noteikt citas izcelsmes normālās šūnās, konkrēti fibroblastos). Arī šūnu kultūrā HS-68 Larifāns nav citopātiks lielās koncentrācijās un rezultāti korelēja ar rezultātiem, kas iegūti limfocītu šūnu kultūrās,    
2.      Izveidota imūnhistoķīmijas metodika virsmas marķieru analīzei, kas ļauj vienlaicīgi iekrāsot vairākus marķierus,
3.      Izveidots makross automātiskai attēlu salikšanai no vairākām bildēm.      
 
Apakšaktivitāte Nr. 1.2. Preparātu ierosināto limfocītu aktivitātes noteikšana
 
Trešajā atskaites periodā aktivitātes ietvaros:
1. tā kā Larifāns neizraisa citopātisko efektu pat lielās koncentrācijās, tad optimālās    koncentrācijas noteikšanai izvēlēts ELISA tests, kurā noteiksim to Larifāna koncentrāciju, kas izsauc vislielāko IFN-γ veidošanas (ir zināms, ka Larifānam jāinducē IFN--γ sintēze).    
 
Apakšaktivitāte Nr. 1.3. Preparātu ierosināto limfocītu ekspansijas noteikšana atsevišķās sub-populācijās un to aktivitātes noteikšana dažādās onkoloģisko pacientu grupās
 
Trešajā atskaites periodā aktivitātes ietvaros:  
1. turpināta arhīva materiāla un anketu apkopošana par slimības gaitu un fenotipu, kā modeli izmantojot ādas ļaundabīgo melanomu, ar mērķi atlasīt tos parametrus, kas attiecīgi būtu saistāmi ar labvēlīgāku vai mazāk labvēlīgu iznākumu, lai testētu imūnpreparātu iedarbību atlasītajās grupās. Lai varētu veikt automātisko filtrēšanu, uzsāktu datu homogenizēšana.  
 
 
Reply Quote Notify of replies  

4  Public Category / News / Re: ES struktūrfondu projekti
 on: 18.08.2011 at 22:19:57 
Started by YaBB Administrator | Post by LieNik


 
2011. gada 01. janvārī BMC tika uzsākta ERAF projekta Vīrusveidīgo daļiņu nanotehnoloģija zāļu un diagnostikas līdzekļu transportstruktūru izstrādei  īstenošana.  
Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros  
Projekta vienošanās Nr. 2010/0314/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/ 052
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr. biol. Kaspars Tārs
Plānotais kopējais projekta īstenošanas ilgums: 36 mēneši.
Projekta plānotās attiecināmās izmaksas ir 491 810 lati.
Projekta īstenošanas vieta – Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs. Kā sadarbības partneri projektā ir paredzēti SIA „LabochemLV” un SIA „Rīgas Austrumu klīniskā universitātes slimnīca”
 
Viena no aktuālākajām problēmām mūsdienu medicīnas nanotehnoloģijās ir ārstniecisko un diagnostisko materiālu specifiska  transportēšana uz noteiktiem orgāniem, audiem un šūnu tipiem. Piemēram, pretvēža ķīmijterapijā pielietojamie preparāti bieži ir ļoti toksiski arī normālajām organisma šūnām. Problēmu būtu iespējams atrisināt, atbilstošos preparātus iepakojot nanokonteineros un selektīvi novirzot tieši uz audzēja šūnām.  
Viens no perspektīvākajiem nanokonteineru kandidātiem ir vīrusveidīgās daļiņas (Virus-like particles, VLP), kas pēc būtības ir tukši, genomu nesaturoši vīrusu apvalki. Vīrusi jau dabīgi spēj atpazīt noteiktus šūnu tipus un nogādāt uz tiem kravu – vīrusa genomu. Vīrusa genomu ir tehniski iespējams aizvietot ar vēlamajiem terapeitiskajiem vai diagnostiskajiem preparātiem – oligonukleotīdiem, proteīniem, metāla nanodaļiņām, u.c. Savukārt uz VLP virsmas ir iespējams eksponēt dažādas adreses - biomolekulas, kuras atpazīst noteiktus šūnu tipus. Adreses var būt monoklonālās antivielas vai tām līdzīgi mākslīgi veidoti nelieli proteīni (piem. afivielas, antikalīni, u.c.), kas atpazīst noteiktus biomarķierus, piemēram, tādus, kuri pārsvarā ir sastopami uz noteiktu audzēju šūnu virsmām.
Projekta gaitā tiek plānots izstrādāt tehnoloģijas materiālu pakošanai VLP un to transpotēšanai uz leikocītiem, hepatocītiem un audzēju šūnām.
 
 
Projekta vispārīgais mērķis – terapeitisko un diagnostisko nanomateriālu piegādes nodrošināšana noteiktiem orgāniem, audiem un šūnu tipiem.  
Projekta specifiskais mērķis – jaunas tehnoloģijas un produktu izstrāde specifiskai dažādu terapeitisko un diagnostisko nanomateriālu piegādei ar vīrusveidīgo daļiņu (VLP) palīdzību hepatocītiem, leikocītiem un dažādu audzēju šūnām.
 
Lai nodrošinātu mērķu sasniegšanu, projekta ietvaros plānots īstenot šādas aktivitātes:
1.Pētniecība:
     1.1. Rūpnieciskais pētījums  
Aktivitāte tiks īstenota ar mērķi izveidot jaunus produktus un izstrādāt jaunas tehnoloģijas zāļu un diagnostikas līdzekļu transportstruktūru izveidei uz VLP pamata.  
Pētniecības aktivitāte ietvers 5 pamatposmus: VLP iegūšanu, materiālu pakošanu VLP, VLP virsmas modifikāciju, VLP testēšanu un perspektīvāko VLP izvēli.
     1.2. Eksperimentālā izstrāde:
Rūpnieciskā pētījuma rezultātā iegūto perspektīvāko VLP iegūšanas tehnoloģiju mērogošanas protokolu izstrāde
2. Pētniecības rezultātu publiskas pieejamības nodrošināšana;
3. Pētniecības rezultātu rūpnieciskā īpašuma tiesību nostiprināšana.
 
_________________________________________
 
Projekta ietvaros līdz 2011. gada 30. jūnijam ir paveikts sekojošais:
 
1. Izanalizēta bakteriofāga φCb5 genoma sekvence, rezultāti publicēti starptautiskā izdevumā:
          Kazaks A., Voronkova T., Rumnieks J., Dishlers A., Tars K. Genome Structure of Caulobacter Phage phiCb5. J Virol. (2011) 85: 4628-31.
2. Izstrādāta bakteriofāga φCb5 VLP in vitro izjaukšanas un salikšanas metodika;
3. Izstrādāta metode afivielas ZHER2:342 un peptīda DPAF ķīmiskai piesaistīšanai φCb5 fāga kapsīdām;
4. Testēta φCb5 VLP ar eksponēto ZHER2:342 piegāde šūnu līnijā ar ekspresētu HER2 receptoru.
 
Reply Quote Notify of replies  

5  Public Category / News / Re: ES struktūrfondu projekti
 on: 09.08.2011 at 13:55:00 
Started by YaBB Administrator | Post by LieNik


 
2010. gada 01. oktobrī BMC tika uzsākta ERAF projekta Jauns hepatīta B vīrusa infekcijas modelis un pretvīrusa līdzekļu izvērtēšanas tehnoloģija   īstenošana.  
Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros  
Projekta vienošanās Nr. 2010/0230/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/ 075
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (01.10.2010.-31.09.2013.)  
Projekta kopējais finansējums: 398240  LVL  
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr.biol. T. Kozlovska
Projekta īstenošanas vieta ir APP Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs,  BMC Projekta sadarbības partneri - „Cilmes šūnu tehnoloģijas” SIA un V/a “Latvijas Infektoloģijas centrs”
 
Projekta vispārīgais mērķis –  
radīt principiāli jaunu cilvēka Hepatīta B vīrusa (HBV) infekcijas modeli un pretvīrusa terapijas izvērtēšanas tehnoloģiju.
 
Projekta specifiskais mērķis –  
cilvēka cilmes šūnu hepatogēna diferenciācija un jauna HBV infekcijas modeļa izstrāde uz diferencēto hepatocītu un/vai to priekšteču bāzes.
 
Pamatojoties uz projekta mērķi, izstrādātās tehnoloģijas izmantošana attiecas gan uz HBV infekcijas profilaksi, gan terapijas uzlabošanu, kas tiks veikta citu pētījumu ietvaros.
 
Projekta ietvaros plānotas šādas aktivitātes:
1. Pētniecība:
     1.1. Rūpnieciskais pētījums:
          1.1.1. HBV infekcijas metožu izstrāde aktīvai kontrolei.
          1.1.2. HBV jutīgas in vitro sistēmas izveides pilnveidošana;
          1.1.3. HBV jutības parametru eksperimentālas noteikšanas metodoloģijas izstrāde.
2. Pētniecības rezultātu publiskas pieejamības nodrošināšana  
3. Pētniecības rezultātu rūpnieciskā īpašuma tiesību nostiprināšana - patentpieteikums
 
Projekta rezultātā –  
tiks izveidota jauna aknu patoloģiju ārstniecības kontroles tehnoloģija, kas uzlabos ārstnieciskās terapijas izstrādi un izvēli, būs izmaksu efektīva un pietuvināta indivīdam.
______________________________________
Līdz 31.08.2011:
Aktivitāte Nr.1.1. No pacientu asins sēruma HBV iegūšanu un 5 paraugu atlasi pētījumiem  

Šajā atskaites periodā no desmit vīrushepatīta B pacientu (diagnoze apstiprināta, nosakot HBV antigēnus asinīs) asins serumiem tika izolēta hepatīta B vīrusa (HBV) DNS un ar polimerāzes ķēdes reakcijas (PCR) palīdzību veikta genotipēšana, kā arī noskaidrota DNS primārā struktūra (tajā skaitā konstatētas mutācijas) būtiskākajās HBV genoma pozīcijās (preS/S gēns, preC/C gēns). Pacienta serumā arī noteikts vīrusa titrs. Tālākajam darbam tika atlasīti pieci HBV paraugi: 1) A genotipa vīruss ar konservatīvu genomu, vīrusslodze 3.2 E6 IU/ml; 2) D genotipa vīruss ar konservatīvu genomu, vīrusslodze 1.14 E6 IU/ml; 3) E genotipa vīruss ar konservatīvu genomu, vīrusslodze 2.0 E4 IU/ml; 4) D genotipa vīruss ar mutantu genomu (6 aminoskābju gara delēcija preS2 seruma albumīna saistības rajonā, vakcinācijas rezistenci izraisoša mutāciju S gēna kodētā proteīna 145.pozīcijā), vīrusslodze 1.11 E3; 5) D genotipa vīruss ar mutantu genomu (pretvīrusa līdzekļa lamivudīna rezistenci nosakoša mutācija HBV polimerāzes 204. pozīcijā), vīrusslodze 3.59 E7 IU/ml. Šie genomi tika izvēlēti tādēļ, lai novērtētu Latvijā cirkulējošu „savvaļas” HBV variantu īpašības, kā arī lai noskaidrotu klīniski potenciāli būtisku mutāciju ietekmi uz vīrusa funkcionalitāti.
 
Aktivitāte Nr.1.2. HBV ekspresijas noteikšanu
Šajā atskaites periodā aktivitāte netiek uzsākta.
 
Aktivitāte Nr.2.1. kontrolei HBV iegūšanu šūnu kultūrā (kHBV) un kHBV antigēnu ekspresijas noteikšanu
Šajā atskaites periodā tika iegūts kHBV vīruss no HepG2.2.15 HBV producējošas šūnu kultūras. Izmantojot antiHBs un antiHBe ELISA metodi tika noteikti HBV antigēni kHBV paraugā. Vīrusa titrs tika kvantificēts ar reāla laika PCR metodi.  
 
Aktivitāte Nr.2.2. alfavīrusa vadītas kHBV ekspresijas noteikšanu šūnu kultūrā
Šajā atskaites periodā tika sintezēts rekombinatais alfavīruss pSFV1/HBVpgRNA. Vīrusa aktivitāte tika pārbaudīta HepG2 šūnās.  
 
Aktivitāte Nr.2.3. Produkta pasāžas (Pn) izvēli
 
Šajā atskaites periodā Produktam 6 pasāžā tiek noteikta kHBV infekcijas iespējamība, par ko tiek gatavota publikācija. Tika novērots: HBV mRNS sintēze; HBV genomu cccDNS veidošanos; HBc antigēna kodola lokalizācija; HBs antigēnu sekrēcija.  
 
Aktivitāte Nr.2.4. HBV paraugu ekspresijas novērtēšanu Pn
Šajā atskaites periodā aktivitāte netiek uzsākta.
 
Aktivitāte Nr.2.5. HBV paraugu gēnu konstruktu veidošanu alfavīrusos
Šajā atskaites periodā aktivitāte netiek uzsākta.
 
Aktivitāte Nr.2.6. alfavīrusa vadītas HBV infekcijas spektra palielināšanu Pn
Šajā atskaites periodā aktivitāte netiek uzsākta.
 
Aktivitāte Nr.2.7. patentpieteikuma sagatavošanu un iesniegšanu
Šajā atskaites periodā aktivitāte netiek uzsākta.
 
Aktivitāte Nr.3.1. mezenhimālo cilmes šūnu iegūšanu jauna Produkta izstrāde
Šajā atskaites periodā tika iegūti paraugi no 5 personām (katra parauga iesaldēšana 10 kriosalmiņos) tika noteikta paraugu atbilstība cilmes šūnām, pluripotences faktoru ekspresija. Tika izvēlēts viens Produkta kandidāts (cilmes šūnas, kuras spējīgas inficēties ar kHBV). Produkta kandidāts tika savairots un sasaldēts pasāžās 6 un 9, lai sekojoši izvēlētos Produkta optimālo pasāžu (Pn).
Aktivitāte Nr.3.2. Pn izstrādi nepieciešamā daudzumā HBV pētījumiem
Šajā atskaites periodā aktivitāte netiek uzsākta.
Reply Quote Notify of replies  

6  Public Category / News / Re: ES struktūrfondu projekti
 on: 08.08.2011 at 16:58:21 
Started by YaBB Administrator | Post by LieNik


 
2011. gada 1. janvārī BMC tika uzsākta ERAF projekta “Sortāzes inhibitoru atlase antimikrobiālās terapijas nolūkiem” īstenošana.  
Projekts tiek īstenots ERAF 2.1.1.1. aktivitātes „Atbalsts zinātnei un pētniecībai” ietvaros  
Projekta vienošanās Nr. 2010/0312/2DP/2.1.1.1.0/10/APIA/VIAA/032
Projekta izpildes termiņš: 36 mēneši (01.01.2011.-31.12.2013.)  
Projekta kopējais finansējums:  456731 LVL  
Projekta zinātniskais vadītājs: Dr.biol. A. Leončiks
Projekta īstenošanas vieta ir APP Latvijas Biomedicīnas pētījumu un studiju centrs,  sadarbības partneris SIA „LabochemLV”.
 
Rezistento mikroorganismu izplatības problēma slimnīcās kļūst arvien aktuālāka, jo rezistentās baktērijas visbiežāk ir nozokomiālo slimību cēlonis. Pat attīstītajās valstīs intrahospitālo slimību prevalence ir augsta un var sasniegt pat 10%, tāpēc šo slimību jaunu ārstniecības līdzekļu izveide ir aktuāla un pieprasīta visā pasaulē. Savukārt mikroorganismu rezistences pieauguma rezultātā veiksmīgai slimību ārstēšanai ir nepieciešami arvien jauni antibakteriālie preparāti.
Piedāvātais pētījums ir saistīts ar grampozitīvo baktēriju antibiotiķu izstrādi, kas balstās uz svarīga bakteriāla fermenta sortāzes A, atbildīgu par patogēna infekciozitāti, inhibīciju. Aprakstītais virziens pagaidām ir jauns un uzskatāms par perspektīvu, jo kā norāda eksperimenti ar dzīvniekiem, sortāzes efektīva inhibēšana var ievērojami samazināt slimības izraisītāja infekciozitāti un rezultātā veicināt organisma izveseļošanos. Jāatzīmē, ka pagaidām pasaules tirgū nav zināms par jau ieviestiem terapeitiskiem līdzekļiem, kuru darbība balstītos uz šī enzīma inhibīcijas izmantošanu, lai gan vairāki ķīmiski savienojumi ar inhibitorām īpašībām ir aprakstīti
 
Projekta vispārīgais mērķis ir jaunu antibakteriālo vielu atlase un modifikācija grampozitīvo mikroorganismu apkarošanai.
Projekta specifiskais mērķis ir grampozitīvo baktēriju šūnapvalka enzīma sortāzes A inhibitoru atlase ar gala pārbaudi dzīvnieku modelī.
 
Mērķu sasniegšanai plānots īstenot šādas aktivitātes:  
 
1.Pētniecība:
     1.1. Rūpnieciskais pētījums – izpētes darbs, lai iegūtu zināšanas un prasmes par jauna produkta   S.aureus sortāzes A enzīma inhibitoru un to organiskās sintēzes tehnoloģijas izstrādi;  
     1.2. Eksprimentālā izstrāde – sortāzes inhibitoru ražošanas metožu izpēte un prototipu izstrāde.  
2. Rezultātu publiskas pieejamības nodrošināšana.
3. Rezultātu rūpnieciskā īpašuma tiesību nostiprināšana.  
 
Kopumā projektā plānotās aktivitātes ļauj ātri un efektīvi veikt potenciālo antibakteriālo vielu atlasi. Šādi atlasītas vielas tuvākā nākotnē varēs aizvietot mūsdienās rezistento celmu apkarošanai izmantotās antibiotikas. Iegūtais rezultāts, savukārt, varētu dot lielu ekonomisko efektu veselības aprūpes sistēmā, samazinot ārstēšanās ilgumu un izmaksas visos gadījumos, kad slimības izraisītājs ir infekciozs bakteriāls celms, rezistents pret konvenciāliem terapijas līdzekļiem, kā arī ierobežojot nozokomiālo slimību izplatību, kas tādējādi palielinātu darba drošību medicīniskajam personālam un mazinātu saslimšanas risku slimnīcu pacientiem.
____________________________________________
 
Uz šodienu:
 
Projekta sākuma etapā ir ticis iegūts bakteriāli sintezēts un hromatogrāfiski attīrīts aktīvs S. aureus enzīms sortāze A srtA preparatīvos daudzumos ar nolūku izmantot šādi sagatavotu proteīna preparātu turpmākos eksperimentos, lai atlasītu enzīmu inhibējošas mazmolekulāras vielas.
 
Kā nākamais uzdevums, kas ir paveikts ir saistīts ar enzīma aktivitātes fluorimetriskām pārbaudēm, kurās tika izmantoti FRET iezīmēti peptīdu substrāti un attīrīts enzīms, lai izstrādātu standartizētu fluorimetrijas datu iegūšanas un apstrādes protokolu.
 
Lai noskaidrotu srtA enzīma kristalizēšanas apstākļus, kādi būs tālāk nepieciešami plānotajiem enzīma-inhibitoru kompleksu struktūras noteikšanai, ir uzsākta enzīma kristalizācijas apstākļu optimizācijas pārbaude.
 
Papildus jau esošajai ģenētiskajai konstrukcijai lineāras sortāzes ekspresijai, ir izveidotas divas jaunas papildus konstrukcijas ciklizētas sortāzes formas ieguvei bakteriālas ekspresijas rezultātā.
 
Abas iepriekš izveidotās cikliskās sortāzes formas, kuras atšķiras ar dažāda garuma aminoskābju linkeriem csrtA galos tālāk tika bakteriāli ekspresētas un hromatogrāfiski attīrītas izmantojot jonapmaiņas un gēlfiltrācijas metodes, kā arī tika pārbaudīta attīrīto ciklisko enzīmu aktivitāte. Šādu mākslīgi iegūtu ciklizētu enzīmu paaugstinātā stabilitāte kristālos un šķīdumos, iespējams, varēs atvieglot sortāzes-inhibitoru kompleksu struktūru iegūšanu un raksturošanu tālāk paredzētajos kodolmagntiskās rezonanses un rentgenkristalogrāfijas eksperimentos.
Reply Quote Notify of replies  

7  Public Category / Info/Informācijai / Re: Atklāta konkursa BMC 2011/12_ESF_ERAF "Materiālu un molekulārās bioloģijas reaģentu iegāde" nolikums
 on: 11.07.2011 at 11:12:10 
Started by Svetlana | Post by Svetlana
Atklāta konkursa BMC 2011/12_ESF_ERAF "Materiālu un molekulārās bioloģijas reaģentu iegāde" ziņojums.
 
(Pielikums ar atbilstošo piedāvājumu izcenojumiem apskatāms 6.jūlija publikācijā (šajā pašā iedaļā)
Reply Quote Notify of replies  

8  Public Category / Info/Informācijai / Re: Atklāta konkursa BMC 2011/12_ESF_ERAF "Materiālu un molekulārās bioloģijas reaģentu iegāde" nolikums
 on: 06.07.2011 at 14:04:32 
Started by Svetlana | Post by Svetlana
Atklāta konkursa uzvarētāju un atbilstošo piedāvājumu saraksts. (LĪGUMA PIELIKUMS)
Reply Quote Notify of replies  

9  Public Category / Info/Informācijai / Re: Atklāta konkusa BMC 2011/10_ESF_ERAF "Par antivielu piegādi molekulārai un šūnu bioloģijai" nolikums
 on: 17.05.2011 at 11:39:14 
Started by Svetlana | Post by Svetlana
Paziņojums par atklāta konkursa BMC 2011/10_ESF_ERAF "Par antivielu piegādi molekulārai un šūnu bioloģijai" rezultātiem
Reply Quote Notify of replies  

10  Public Category / Info/Informācijai / Re: Atklāta konkursa Nr. BMC 2011/13_ESF_ERAF "Par datortehnikas un piederumu iegādi" nolikums
 on: 12.05.2011 at 16:57:23 
Started by Svetlana | Post by Svetlana
Paziņojums par atklāta konkursa Nr. BMC 2011/13_ESF_ERAF "Par datortehnikas un piederumu iegādi" rezultātiem
Reply Quote Notify of replies